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万見
- PDB-4kn3: Structure of the Y34NS91G double mutant of Dehaloperoxidase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kn3
タイトルStructure of the Y34NS91G double mutant of Dehaloperoxidase from Amphitrite ornata with 2,4,6-trichlorophenol
要素Dehaloperoxidase A
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / GLOBIN / OXYGEN STORAGE / PEROXIDASE / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 2,4,6-trichlorophenol / Dehaloperoxidase A
類似検索 - 構成要素
生物種Amphitrite ornata (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Wang, C. / Lovelace, L. / Lebioda, L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Complexes of dual-function hemoglobin/dehaloperoxidase with substrate 2,4,6-trichlorophenol are inhibitory and indicate binding of halophenol to compound I.
著者: Wang, C. / Lovelace, L.L. / Sun, S. / Dawson, J.H. / Lebioda, L.
履歴
登録2013年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月18日Group: Database references
改定 1.22013年12月25日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehaloperoxidase A
B: Dehaloperoxidase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9569
ポリマ－30,9392
非ポリマー2,0177
水5,549308
1
A: Dehaloperoxidase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4814
ポリマ－15,4701
非ポリマー1,0113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dehaloperoxidase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4765
ポリマ－15,4701
非ポリマー1,0064
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.982, 67.657, 67.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 137 / Label seq-ID: 1 - 137

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Dehaloperoxidase A


分子量: 15469.501 Da / 分子数: 2 / 変異: Y34N,S91G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / プラスミド: pET16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NAV8
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-T6C / 2,4,6-trichlorophenol / 2,4,6-トリクロロフェノ-ル


分子量: 197.446 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H3Cl3O
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 28-32% PEG4K, .2M ammonium sulfate, .02M sodium cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. all: 26494 / Num. obs: 26181 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Χ2: 1.951 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.79-1.822.70.12112321.087197.9
1.82-1.852.90.11413311.239199.4
1.85-1.893.10.10912811.218199.1
1.89-1.933.10.09212801.261199.1
1.93-1.973.10.07812851.292199.2
1.97-2.023.10.0713091.352199.2
2.02-2.073.10.06413061.38199.5
2.07-2.123.10.05912921.487199.5
2.12-2.183.10.05513081.551199.6
2.18-2.263.10.04813081.655199.8
2.26-2.343.10.04713061.764199.8
2.34-2.4330.04313311.789199.9
2.43-2.543.10.04213041.922199.7
2.54-2.673.10.0413271.99199.8
2.67-2.843.10.0413222.197199.5
2.84-3.063.10.03913142.567199.6
3.06-3.373.10.04113353.306199.3
3.37-3.863.10.04613284.821198.7
3.86-4.8630.03413562.854198
4.86-5030.02313261.911190.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIserguiデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.78→44.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.892 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2137 1326 5.1 %RANDOM
Rwork0.1326 ---
all0.204 35271 --
obs0.1366 26147 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.51 Å2 / Biso mean: 26.7159 Å2 / Biso min: 10.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å2-0 Å2
2---0.03 Å2-0 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→44.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2145 0 126 308 2579
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0192321
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022105
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7422.0173151
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.18434812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9765272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.42524.393107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.60515385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0171513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022693
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2192.291094
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1972.2881093
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5953.4371364
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.04434426
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.633575
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded14.57654609
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7531 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.784→1.83 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 107 -
Rwork0.14 1735 -
all-1842 -
obs--95.89 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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