PDB-4kms: Crystal structure of Acetoacetyl-CoA reductase from Rickettsia felis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kms

タイトル

Crystal structure of Acetoacetyl-CoA reductase from Rickettsia felis

要素

Acetoacetyl-CoA reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

acetoacetyl-CoA reductase activity / poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Rickettsia felis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Lukacs, C. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of acetoacetyl-CoA reductase from Rickettsia felis.
著者: Rodarte, J.V. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D. / Staker, B.L. / Zhang, S. / Myler, P.J. / McLaughlin, K.J.

履歴

登録	2013年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月10日	Group: Database references カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kms.cif.gz	192.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kms.ent.gz	152.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kms.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kms_validation.pdf.gz	430.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kms_full_validation.pdf.gz	432.4 KB	表示
XML形式データ	4kms_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	4kms_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/4kms ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/4kms	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7mi0C 3ezlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2x9n-d 4d41-2 2nm0-1 1i01-1 3pib-d 6dej-d 2fl1-2 2x9g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-RifeA.00170.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Acetoacetyl-CoA reductase

B: Acetoacetyl-CoA reductase

54.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetoacetyl-CoA reductase

B: Acetoacetyl-CoA reductase

A: Acetoacetyl-CoA reductase

B: Acetoacetyl-CoA reductase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.110, 99.700, 73.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-331- HOH
2	1	A-409- HOH
3	1	B-408- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: -2 - 238 / Label seq-ID: 6 - 246

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Acetoacetyl-CoA reductase 分子量: 27312.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rickettsia felis (バクテリア) / 株: ATCC VR-1525 / URRWXCal2 / 遺伝子: phbB, RF_015, RF_0153 / プラスミド: RifeA.00170.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q4UN54, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Acetoacetyl-CoA reductase

分子量: 27312.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rickettsia felis (バクテリア) / 株: ATCC VR-1525 / URRWXCal2 / 遺伝子: phbB, RF_015, RF_0153 / プラスミド: RifeA.00170.a.B1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q4UN54, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 23 mg/mL RifeA.00170.a.B1.PS01660, MCSG1 screen condition G1: 10% PEG8000, 8% ethylene glycol, 100 mM HEPES/NaOH, pH 7.5, Tray 241460g1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.12709 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月18日 / 詳細: Rh coated flat mirror

放射

モノクロメーター: Side scattering I-beam bent single crystal, asymmetric cut 4.9650 degrees
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.12709 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. all: 38963 / Num. obs: 38871 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.83 % / B_iso Wilson estimate: 38.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 25.78

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2-2.05	0.523	3.37	13753	2820	1	100
2.05-2.11	0.402	4.38	13474	2765	1	100
2.11-2.17	0.303	5.79	13241	2718	1	100
2.17-2.24	0.224	7.63	12601	2579	1	99.9
2.24-2.31	0.178	9.53	12442	2556	1	99.9
2.31-2.39	0.148	11.06	11967	2446	1	100
2.39-2.48	0.122	13.01	11703	2389	1	99.9
2.48-2.58	0.091	16.9	11189	2288	1	100
2.58-2.7	0.086	17.84	10757	2202	1	100
2.7-2.83	0.064	22.98	10274	2107	1	100
2.83-2.98	0.047	29.66	9747	2002	1	99.9
2.98-3.16	0.037	35.84	9329	1913	1	100
3.16-3.38	0.03	42.89	8631	1789	1	100
3.38-3.65	0.023	54.25	8132	1690	1	99.8
3.65-4	0.021	59.9	7231	1534	1	99.8
4-4.47	0.019	66.91	6630	1424	1	99.9
4.47-5.16	0.017	68.88	5744	1261	1	99.8
5.16-6.32	0.019	64.6	5131	1081	1	99.9
6.32-8.94	0.017	71.96	3907	853	1	99.5
8.94-50	0.015	75.81	1784	454	1	87.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	19.92 Å
Translation	3.5 Å	19.92 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EZL

3ezl

解像度: 2→46.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 6.49 / SU ML: 0.093 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2103	1949	5 %	RANDOM
R_work	0.1733	-	-	-
all	0.1751	38963	-	-
obs	0.1751	38831	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.31 Å² / B_iso mean: 39.9812 Å² / B_iso min: 19.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.43 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→46.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3478	0	0	266	3744

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	3554
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	3369
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.296	1.933	4805
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.859	3	7726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.903	5	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.785	25.438	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.766	15	610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.068	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	552
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4123
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	807
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.658	1.652	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.658	1.651	1849
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.605	2.448	2304

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 13137 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	140	-
R_work	0.236	2676	-
all	-	2816	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6526	0.0427	-0.1919	0.8156	0.3014	2.5699	-0.0278	0.0941	0.0821	-0.1317	-0.01	0.03	-0.5687	-0.1961	0.0379	0.4604	0.0484	-0.037	0.0266	0.0181	0.1272	33.26	14.866	11.11
2	0.9311	-0.2108	0.0007	0.9916	0.0208	2.0426	0.0109	-0.0926	0.0072	0.0545	-0.0391	0.1081	-0.3603	-0.2798	0.0281	0.3253	0.0732	0.0017	0.0578	-0.0311	0.1219	29.399	12.906	42.72

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 239
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-2 - 238

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