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- PDB-4kmh: Crystal structure of Suppressor of Fused d20 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kmh
タイトルCrystal structure of Suppressor of Fused d20
要素Suppressor of fused homolog
キーワードPROTEIN BINDING / helix and beta strand
機能・相同性
機能・相同性情報


smoothened signaling pathway involved in ventral spinal cord interneuron specification / smoothened signaling pathway involved in spinal cord motor neuron cell fate specification / positive regulation of cellular response to drug / GLI-SUFU complex / ciliary tip / coronary vasculature development / Hedgehog 'off' state / aorta development / ventricular septum development / ciliary base ...smoothened signaling pathway involved in ventral spinal cord interneuron specification / smoothened signaling pathway involved in spinal cord motor neuron cell fate specification / positive regulation of cellular response to drug / GLI-SUFU complex / ciliary tip / coronary vasculature development / Hedgehog 'off' state / aorta development / ventricular septum development / ciliary base / skin development / negative regulation of protein import into nucleus / heart looping / spermatid development / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / Degradation of GLI1 by the proteasome / Hedgehog 'on' state / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / beta-catenin binding / transcription corepressor activity / regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sufu, C-terminal domain / Suppressor of fused / Suppressor of fused, eukaryotic / Suppressor of fused C-terminal / Suppressor of fused, N-terminal / Suppressor of fused, C-terminal domain superfamily / Suppressor of Fused Gli/Ci N terminal binding domain / Suppressor of fused-like domain / Suppressor of fused protein (SUFU) / Gyrase A; domain 2 ...Sufu, C-terminal domain / Suppressor of fused / Suppressor of fused, eukaryotic / Suppressor of fused C-terminal / Suppressor of fused, N-terminal / Suppressor of fused, C-terminal domain superfamily / Suppressor of Fused Gli/Ci N terminal binding domain / Suppressor of fused-like domain / Suppressor of fused protein (SUFU) / Gyrase A; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Suppressor of fused homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Zhang, Y. / Qi, X. / Zhang, Z. / Wu, G.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Structural insight into the mutual recognition and regulation between Suppressor of Fused and Gli/Ci.
著者: Zhang, Y. / Fu, L. / Qi, X. / Zhang, Z. / Xia, Y. / Jia, J. / Jiang, J. / Zhao, Y. / Wu, G.
履歴
登録2013年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Experimental preparation
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Suppressor of fused homolog
B: Suppressor of fused homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,6862
ポリマ－107,6862
非ポリマー00
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area36580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.634, 122.329, 118.751
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.410, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Suppressor of fused homolog / SUFUH


分子量: 53843.203 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-305, 326-484 / 変異: DELETION RESIDUES 306-325 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUFU, UNQ650/PRO1280 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UMX1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細UNP RESIDUES 306-325 ARE DELETION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 % / Mosaicity: 1.476 °
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16% PEG 3350, 0.1M Ammonium Tartrate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2012年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H,K,L10.632
11-h,-k,l20.368
反射解像度: 3.04→118.75 Å / Num. obs: 19786 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.1-3.215.70.48919701.005199.8
3.21-3.345.70.31519931.002199.7
3.34-3.495.70.24719541.005199.6
3.49-3.685.70.18519811.003199.7
3.68-3.915.70.15219790.997199.7
3.91-4.215.60.12719701.004199.5
4.21-4.635.60.1119831.004199.1
4.63-5.35.50.10319800.996199.3
5.3-6.675.40.09919961.002199.5
6.67-505.40.11119801197.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KM8

4km8


解像度: 3.04→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 51.335 / SU ML: 0.409 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.492 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1010 5.1 %RANDOM
Rwork0.2238 ---
obs0.2266 19786 97.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 115.82 Å2 / Biso mean: 86.3 Å2 / Biso min: 22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.27 Å20 Å21.14 Å2
2--7.27 Å20 Å2
3----8.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.04→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6063 0 0 12 6075
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0226236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9741.9538491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9075764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.53924290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.68915970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.251534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2913
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214842
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5821.53845
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.33826201
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.49432391
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8974.52290
LS精密化 シェル解像度: 3.042→3.121 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 57 -
Rwork0.318 1070 -
all-1127 -
obs--75.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76870.1672-0.53530.3135-0.12742.3569-0.0170.0162-0.0583-0.0082-0.0647-0.00230.33860.29230.08170.09830.08180.04290.08570.01790.071911.61-16.853725.1674
20.6696-0.23760.34230.2229-0.04742.4929-0.02560.00620.07720.0144-0.0647-0.0227-0.35080.29860.09030.1251-0.09-0.06630.08890.02740.090311.167217.26634.0359
30.0782-0.0309-0.23930.1320.070.8072-0.02-0.05830.0089-0.05320.0733-0.0869-0.03190.1536-0.05330.32410.0282-0.11060.0687-0.0590.500611.00466.178829.1895
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 481
2X-RAY DIFFRACTION2B-6 - 481
3X-RAY DIFFRACTION3A501 - 506
4X-RAY DIFFRACTION3B501 - 506

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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