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- PDB-4kmf: Crystal structure of Zalpha domain from Carassius auratus PKZ in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kmf
タイトルCrystal structure of Zalpha domain from Carassius auratus PKZ in complex with Z-DNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
  • Interferon-inducible and double-stranded-dependent eIF-2kinase
キーワードTRANSFERASE/DNA / Zalpha / Z-DNA / PKZ / goldfish / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded RNA adenosine deaminase activity / protein kinase activity / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Z-DNA-binding domain in adenosine deaminases. / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Z-binding domain profile. / : / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Z-DNA-binding domain in adenosine deaminases. / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Z-binding domain profile. / : / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / Interferon-inducible and double-stranded-dependent eIF-2kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Carassius auratus (アカブナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kim, D. / Kim, K.K.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Distinct Z-DNA binding mode of a PKR-like protein kinase containing a Z-DNA binding domain (PKZ).
著者: Kim, D. / Hur, J. / Park, K. / Bae, S. / Shin, D. / Ha, S.C. / Hwang, H.Y. / Hohng, S. / Lee, J.H. / Lee, S. / Kim, Y.G. / Kim, K.K.
履歴
登録2013年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / software
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _software.name
改定 1.32020年1月29日Group: Derived calculations
カテゴリ: ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_struct_assembly ...ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon-inducible and double-stranded-dependent eIF-2kinase
B: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3683
ポリマ－9,3132
非ポリマー551
水1,26170
1
A: Interferon-inducible and double-stranded-dependent eIF-2kinase
B: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子

A: Interferon-inducible and double-stranded-dependent eIF-2kinase
B: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7356
ポリマ－18,6254
非ポリマー1102
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area2420 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area9490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.367, 49.471, 29.585
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.220, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Interferon-inducible and double-stranded-dependent eIF-2kinase


分子量: 7198.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: codon optimized / 由来: (組換発現) Carassius auratus (アカブナ) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7T2M9
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 2114.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.01 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 30% PEG1500, 15 mM MnCl2, vapor diffusion, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 8549 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 3.175 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.7330.3253991.802189.9
1.73-1.763.20.2724071.892194.9
1.76-1.793.30.2464151.879196.5
1.79-1.833.40.2174342.052199.3
1.83-1.873.50.1824392.1631100
1.87-1.913.60.1664272.486199.8
1.91-1.963.70.1474442.2671100
1.96-2.023.60.1334272.491199.8
2.02-2.073.70.1164442.7151100
2.07-2.143.60.1094433.019199.8
2.14-2.223.70.0954213.171100
2.22-2.313.60.094483.4571100
2.31-2.413.60.0884283.6071100
2.41-2.543.60.0824303.8211100
2.54-2.73.60.0764533.77199.6
2.7-2.913.50.0714394.39199.5
2.91-3.23.10.0434244.759197
3.2-3.662.90.0374124.762193.4
3.66-4.612.80.0344025.1190.5
4.61-502.80.0354135.115190

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→27.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 4.84 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2269 404 4.7 %RANDOM
Rwork0.1704 ---
obs0.1729 8535 97.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 57.77 Å2 / Biso mean: 24.5162 Å2 / Biso min: 13.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20.01 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数490 139 1 70 700
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022652
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6022.226909
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.686561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.83825.41724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.3051592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.651153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021442
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2811.5309
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2442498
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7343343
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.254.5411
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.0443652
LS精密化 シェル解像度: 1.702→1.746 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 29 -
Rwork0.223 567 -
all-596 -
obs--91.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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