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- PDB-4km5: X-ray crystal structure of human cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4km5
タイトルX-ray crystal structure of human cyclic GMP-AMP synthase (cGAS)
要素Cyclic GMP-AMP synthase
キーワードTRANSFERASE / DNA Sensor / Innate Immunity / Zinc Finger / Nucleotidyl Transferase / DNA / Cytoplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


water channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Poly(a)-polymerase, middle domain / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like ...Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Poly(a)-polymerase, middle domain / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Beta Polymerase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable aquaporin AqpM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.499 Å
データ登録者Kranzusch, P.J. / Lee, A.S.Y. / Berger, J.M. / Doudna, J.A.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2013
タイトル: Structure of Human cGAS Reveals a Conserved Family of Second-Messenger Enzymes in Innate Immunity.
著者: Kranzusch, P.J. / Lee, A.S. / Berger, J.M. / Doudna, J.A.
履歴
登録2013年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic GMP-AMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0562
ポリマ－42,9901
非ポリマー651
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.454, 162.700, 58.407
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Cyclic GMP-AMP synthase / cGAMP synthase / cGAS / h-cGAS / Mab-21 domain-containing protein 1


分子量: 42990.473 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 157-522 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MB21D1, C6orf150 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8N884, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.044M potassium chloride, 0.01M magnesium chloride, 0.025M Tris pH 7.0, 0.015M Tris pH 9.0, 6.9% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1771
22911
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL12-211.2818
シンクロトロンALS 8.3.120.9792
検出器
タイプID検出器日付
PSI PILATUS 6M1PIXEL2013年3月6日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2013年2月3日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.28181
20.97921
反射解像度: 2.499→47.445 Å / Num. all: 29674 / Num. obs: 16035 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称分類
Web-Iceデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.499→47.445 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2399 800 5.01 %
Rwork0.2245 --
obs0.2253 15977 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.499→47.445 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2980 0 1 36 3017
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033040
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6614077
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7261177
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003519
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4985-2.65510.36931280.32532439X-RAY DIFFRACTION98
2.6551-2.860.33631310.28832490X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.14780.29261330.26772492X-RAY DIFFRACTION100
3.1478-3.60310.31241330.24972528X-RAY DIFFRACTION100
3.6031-4.5390.22111330.20562541X-RAY DIFFRACTION100
4.539-47.45340.19231420.20212687X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2623-0.26910.87081.85990.05089.396-0.0604-0.2343-0.1566-0.41940.3030.65840.0857-1.2834-0.34560.5346-0.0561-0.08610.65690.07990.9384-10.852356.285617.4548
23.51-0.7198-2.48563.1542-1.09685.52690.1384-0.55470.05170.2780.0623-0.16160.00750.5805-0.07940.60910.0541-0.14330.6083-0.00350.60688.040659.683932.133
31.9792-0.1714-0.39223.7407-1.55444.0392-0.0056-0.3721-0.14060.08010.16290.0720.40720.1245-0.17350.52460.0275-0.06710.5121-0.05580.55673.502860.328823.1502
42.8814-0.28030.29083.71050.92573.52830.42780.4038-0.3033-0.7793-0.2090.01040.90150.1756-0.20310.80380.0485-0.13170.4135-0.03220.47587.933655.63693.5916
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 161 through 199 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 200 through 272 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 273 through 405 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 406 through 522 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る