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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kll | ||||||
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タイトル | DNA polymerase beta matched product complex with Mg2+, 45 min | ||||||
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![]() | TRANSFERASE / LYASE/DNA / DNA polymerase / LYASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity ...Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / pyrimidine dimer repair / response to hyperoxia / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / lymph node development / salivary gland morphogenesis / spleen development / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair, gap-filling / response to gamma radiation / base-excision repair / spindle microtubule / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / microtubule binding / neuron apoptotic process / response to ethanol / microtubule / in utero embryonic development / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / lyase activity / Ub-specific processing proteases / inflammatory response / DNA repair / DNA damage response / enzyme binding / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Freudenthal, B.D. / Beard, W.A. / Shock, D.D. / Wilson, S.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Observing a DNA polymerase choose right from wrong. 著者: Freudenthal, B.D. / Beard, W.A. / Shock, D.D. / Wilson, S.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 456.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4kldC ![]() 4kleC ![]() 4klfC ![]() 4klgC ![]() 4klhC ![]() 4kliC ![]() 4kljC ![]() 4klmC ![]() 4kloC ![]() 4klqC ![]() 4klsC ![]() 4kltC ![]() 4kluC ![]() 4lvsC ![]() 2fmsS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD
#1: DNA鎖 | 分子量: 4869.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3350.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: DNA鎖 | 分子量: 1536.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#4: タンパク質 | 分子量: 38241.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P06746, DNA-directed DNA polymerase, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 345分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PPV.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PPV.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-NA / #6: 化合物 | ChemComp-PPV / | #7: 化合物 | ChemComp-MG / | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 50 mM imidazole, 350 mM sodium chloride, 17% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月29日 / 詳細: mirrors |
回折測定 | 詳細: 0.25 degrees, 45.0 sec, detector distance 50.00 mm |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
Reflection | Av R equivalents: 0.061 / 数: 93621 |
反射 | 解像度: 1.841→50 Å / Num. all: 93621 / Num. obs: 33832 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Χ2: 1.124 / Net I/σ(I): 23 |
反射 シェル | 解像度: 1.841→1.92 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 2.363 / Rsym value: 0.297 / % possible all: 80.9 |
Cell measurement | Reflection used: 93621 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2FMS 解像度: 1.841→23.758 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / FOM work R set: 0.8156 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.62 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.837 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.55 Å2 / Biso mean: 31.0714 Å2 / Biso min: 12.31 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.841→23.758 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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