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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kl0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the effector protein XOO4466 | ||||||
![]() | Putative uncharacterized protein | ||||||
![]() | Calcium Binding Protein / Rossmann Fold / Unknown Function | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / hydrolase activity, hydrolyzing N-glycosyl compounds / nucleobase-containing compound metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yu, S. / Rhee, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the effector protein XOO4466 from Xanthomonas oryzae 著者: Yu, S. / Hwang, I. / Rhee, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 426.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41127.898 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 110-485 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: KACC10331 / 遺伝子: XOO4466 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.97 % / Mosaicity: 0.292 ° |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 8.5% PEG 8000, 8.5% PEG 1000, 15% glycerol, 10mM calcium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月14日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.598→50 Å / Num. obs: 42434 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 18.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 26.284 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.717 / Mean I/σ(I) obs: 2.374 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.062 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 57.73 Å2 / Biso mean: 22.165 Å2 / Biso min: 7.88 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.598→39.881 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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