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- PDB-4kl0: Crystal structure of the effector protein XOO4466 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kl0
タイトルCrystal structure of the effector protein XOO4466
要素Putative uncharacterized protein
キーワードCalcium Binding Protein / Rossmann Fold / Unknown Function
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing N-glycosyl compounds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inosine-uridine Nucleoside N-ribohydrolase; Chain A / Ribonucleoside hydrolase-like / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase domain / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase / Ribonucleoside hydrolase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.598 Å
データ登録者Yu, S. / Rhee, S.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of the effector protein XOO4466 from Xanthomonas oryzae
著者: Yu, S. / Hwang, I. / Rhee, S.
履歴
登録2013年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1682
ポリマ－41,1281
非ポリマー401
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.832, 70.528, 49.083
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / Bacterial effector protein


分子量: 41127.898 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 110-485 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
株: KACC10331 / 遺伝子: XOO4466 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5GUA3
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.97 % / Mosaicity: 0.292 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 8.5% PEG 8000, 8.5% PEG 1000, 15% glycerol, 10mM calcium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 0.9789, 0.9791, 0.9639
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月14日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97891
20.97911
30.96391
反射解像度: 1.598→50 Å / Num. obs: 42434 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 18.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 26.284
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.717 / Mean I/σ(I) obs: 2.374 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.598→39.881 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.825 / SU ML: 0.47 / σ(F): 2 / 位相誤差: 25.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2354 1988 4.71 %RANDOM
Rwork0.2019 40202 --
obs0.2035 42190 99.23 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.062 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 57.73 Å2 / Biso mean: 22.165 Å2 / Biso min: 7.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.206 Å2-0 Å2-1.4836 Å2
2--3.6079 Å2-0 Å2
3----2.4018 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.598→39.881 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2688 0 1 176 2865
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0182741
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7433731
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.11437
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009486
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2731015
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5983-1.63830.32661350.27552807294297
1.6383-1.68260.28081420.26682835297799
1.6826-1.73210.33991410.25492828296999
1.7321-1.7880.31971370.24472853299099
1.788-1.85190.25321400.22552885302599
1.8519-1.9260.2631400.212830297099
1.926-2.01370.24531470.21052888303599
2.0137-2.11990.26561370.21128753012100
2.1199-2.25270.26681420.208928893031100
2.2527-2.42660.25911460.206828823028100
2.4266-2.67070.28351410.206628843025100
2.6707-3.05710.22951440.209529093053100
3.0571-3.85110.18551450.179329003045100
3.8511-39.89320.19281510.17412937308899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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