PDB-4kk8: Structure of the E148Q mutant of CLC-ec1 deltaNC construct in 100...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kk8

タイトル

Structure of the E148Q mutant of CLC-ec1 deltaNC construct in 100mM fluoride

要素

Fab, heavy chain
Fab, light chain
H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / membrane transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

chloride:proton antiporter activity / cellular stress response to acidic pH / voltage-gated chloride channel activity / chloride transmembrane transport / proton transmembrane transport / B cell differentiation / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.86 Å

データ登録者

Lim, H.-H. / Miller, C.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Fluoride-dependent interruption of the transport cycle of a CLC Cl(-)/H(+) antiporter.
著者: Lim, H.H. / Stockbridge, R.B. / Miller, C.

履歴

登録	2013年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.2	2013年11月13日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kk8.cif.gz	327 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kk8.ent.gz	274.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kk8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kk8_validation.pdf.gz	471 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kk8_full_validation.pdf.gz	504.3 KB	表示
XML形式データ	4kk8_validation.xml.gz	59.1 KB	表示
CIF形式データ	4kk8_validation.cif.gz	81.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/4kk8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/4kk8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kjpC 4kjqC 4kjwC 4kk5C 4kk6C 4kk9C 4kkaC 4kkbC 4kkcC 4kklC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kkb-1 4kk9-1 4kk5-1 3ejz-2 3ejy-2 1kpk-2 4kkc-1 1kpk-3 4kjq-1 4kjw-1 4kkl-1 4lou-1 4mqx-1 4kk6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA

B: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA

C: Fab, heavy chain

D: Fab, light chain

E: Fab, heavy chain

F: Fab, light chain

ヘテロ分子

189 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA

B: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Fab, heavy chain

D: Fab, light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Fab, heavy chain

F: Fab, light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	231.226, 98.903, 170.022
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 131.77, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2
1	3
2	3
1	4
2	4
1	5
2	5
1	6
2	6

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'A' and (resseq 25:455 )
2	1	1	chain 'B' and (resseq 25:455 )
1	1	2	chain 'D' and (resseq 1:7 or resseq 13:25 or resseq...
2	1	2	chain 'F' and (resseq 1:7 or resseq 13:25 or resseq...
1	1	3	chain 'D' and (resseq 37:39 or resseq 81:84 or resseq...
2	1	3	chain 'F' and (resseq 37:39 or resseq 81:84 or resseq...
1	1	4	chain 'D' and (resseq 8:12 or resseq 26:28 or resseq 40:45 or resseq 52:59 or resseq 66:68 )
2	1	4	chain 'F' and (resseq 8:12 or resseq 26:28 or resseq 40:45 or resseq 52:59 or resseq 66:68 )
1	1	5	chain 'C' and (resseq 2:123 or resseq 154:156 or resseq 174:178 or resseq 181:183 )
2	1	5	chain 'E' and (resseq 2:123 or resseq 154:156 or resseq 174:178 or resseq 181:183 )
1	1	6	chain 'C' and (resseq 124:153 or resseq 157:173 or resseq 184:222 )
2	1	6	chain 'E' and (resseq 124:153 or resseq 157:173 or resseq 184:222 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA / ClC-ec1 分子量: 47617.418 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 17-460 / 変異: E148Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0155, clcA, eriC, JW5012, yadQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37019
#2: 抗体	Fab, heavy chain 分子量: 23823.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: 抗体	Fab, light chain 分子量: 23088.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837*PLUS
#4: 化合物	ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド分子量: 18.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: F

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.92 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 24% PEG400, 100mM Na/K tartrate, 100mM Glycine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.86→25 Å / Num. all: 65741 / Num. obs: 65721 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.86→24.95 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 29.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2556	3326	5.06 %
R_work	0.2099	-	-
obs	0.2122	65721	98.96 %
all	-	65741	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.86→24.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13225	0	2	0	13227

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	13553
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.227	18438
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.194	4770
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	2121
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2314

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3214	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	3214	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.249
2	1	D	1031	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	F	1031	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	1.417
3	1	D	332	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	F	332	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.73
4	1	D	168	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	F	168	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.265
5	1	C	1054	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	E	1054	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.688
6	1	C	604	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	E	604	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.312

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8571-2.8978	0.3374	115	0.3071	2167	X-RAY DIFFRACTION	82
2.8978-2.941	0.35	128	0.2806	2421	X-RAY DIFFRACTION	94
2.941-2.9869	0.2998	146	0.2777	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9869-3.0358	0.3419	141	0.2669	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0358-3.088	0.3093	127	0.2666	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.088-3.1441	0.3452	157	0.2598	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1441-3.2044	0.3254	120	0.2489	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2044-3.2697	0.3288	146	0.2452	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2697-3.3406	0.315	140	0.2371	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3406-3.4182	0.2928	136	0.243	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4182-3.5034	0.3174	166	0.2326	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5034-3.5979	0.2553	144	0.2223	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5979-3.7034	0.2824	140	0.2209	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7034-3.8225	0.2663	144	0.2121	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8225-3.9586	0.251	138	0.2061	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9586-4.1165	0.2438	139	0.2048	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1165-4.3029	0.2097	133	0.1872	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3029-4.5285	0.2346	154	0.1785	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5285-4.8103	0.2113	128	0.1766	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8103-5.1787	0.2258	135	0.1771	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1787-5.6942	0.2623	125	0.184	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6942-6.5054	0.2477	149	0.1978	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5054-8.1485	0.2001	115	0.1936	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
8.1485-24.9513	0.2466	160	0.2247	2690	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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