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- PDB-4kk5: Structure of the CLC-ec1 deltaNC construct in 20mM fluoride and 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kk5
タイトルStructure of the CLC-ec1 deltaNC construct in 20mM fluoride and 20mM bromide
要素
  • Fab, heavy chain
  • Fab, light chain
  • H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / membrane transporter / fluoride / bromide
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular stress response to acidic pH / chloride:proton antiporter activity / voltage-gated chloride channel activity / alpha-beta T cell receptor complex / IgG immunoglobulin complex / B cell differentiation / proton transmembrane transport / chloride transmembrane transport / adaptive immune response / extracellular region ...cellular stress response to acidic pH / chloride:proton antiporter activity / voltage-gated chloride channel activity / alpha-beta T cell receptor complex / IgG immunoglobulin complex / B cell differentiation / proton transmembrane transport / chloride transmembrane transport / adaptive immune response / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.171 Å
データ登録者Lim, H.-H. / Miller, C.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Fluoride-dependent interruption of the transport cycle of a CLC Cl(-)/H(+) antiporter.
著者: Lim, H.H. / Stockbridge, R.B. / Miller, C.
履歴
登録2013年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22013年11月13日Group: Database references
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
B: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
C: Fab, heavy chain
D: Fab, light chain
E: Fab, heavy chain
F: Fab, light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,0606
ポリマ－189,0606
非ポリマー00
水00
1
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
B: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2372
ポリマ－95,2372
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7000 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area30210 Å2
手法PISA
2
C: Fab, heavy chain
D: Fab, light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9112
ポリマ－46,9112
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
3
E: Fab, heavy chain
F: Fab, light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9112
ポリマ－46,9112
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)229.127, 98.166, 169.761
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.73, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA / ClC-ec1


分子量: 47618.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0155, clcA, eriC, JW5012, yadQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37019
#2: 抗体 Fab, heavy chain


分子量: 23823.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Fab, light chain


分子量: 23088.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.36 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 100mM Na/K tartrate, 26%PEG400, 100mM Glycine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→40 Å / Num. all: 91644 / Num. obs: 91572 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.171→39.782 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.94 / σ(I): 2 / 位相誤差: 30.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2713 2383 5.08 %random
Rwork0.232 ---
obs0.2339 91572 97.9 %-
all-91644 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.171→39.782 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13223 0 0 0 13223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00613551
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81418436
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6074768
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0512121
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1713-3.20740.40461220.35921993X-RAY DIFFRACTION68
3.2074-3.24510.35941600.34362804X-RAY DIFFRACTION94
3.2451-3.28460.33231350.32182861X-RAY DIFFRACTION95
3.2846-3.32620.34781620.32282832X-RAY DIFFRACTION98
3.3262-3.36990.4091260.3232993X-RAY DIFFRACTION98
3.3699-3.41610.33061740.30072833X-RAY DIFFRACTION99
3.4161-3.46490.32792090.28582945X-RAY DIFFRACTION99
3.4649-3.51650.31821560.27922899X-RAY DIFFRACTION99
3.5165-3.57150.31121630.25672943X-RAY DIFFRACTION99
3.5715-3.630.34711440.26862931X-RAY DIFFRACTION99
3.63-3.69250.27931580.26372932X-RAY DIFFRACTION99
3.6925-3.75960.33781680.25222943X-RAY DIFFRACTION99
3.7596-3.83190.30591700.25342888X-RAY DIFFRACTION99
3.8319-3.910.30041410.23852985X-RAY DIFFRACTION99
3.91-3.9950.27431380.23592971X-RAY DIFFRACTION99
3.995-4.08780.31511640.2422910X-RAY DIFFRACTION99
4.0878-4.18990.28241770.21852908X-RAY DIFFRACTION99
4.1899-4.30310.25941470.21692981X-RAY DIFFRACTION99
4.3031-4.42950.24961370.21032949X-RAY DIFFRACTION99
4.4295-4.57230.22951410.20312941X-RAY DIFFRACTION100
4.5723-4.73550.23461750.20162936X-RAY DIFFRACTION100
4.7355-4.92480.23881430.19422986X-RAY DIFFRACTION100
4.9248-5.14840.23891590.20432930X-RAY DIFFRACTION100
5.1484-5.41930.27171670.20042971X-RAY DIFFRACTION99
5.4193-5.75790.24851370.20112930X-RAY DIFFRACTION100
5.7579-6.20090.26221540.21472967X-RAY DIFFRACTION100
6.2009-6.82210.24781650.20092924X-RAY DIFFRACTION100
6.8221-7.80280.19591520.182970X-RAY DIFFRACTION100
7.8028-9.80630.17751660.16732942X-RAY DIFFRACTION100
9.8063-39.78520.30231450.28342919X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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