[日本語] English
万見
- PDB-4kjd: RatIntestinal AP expressed in E. coli -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kjd
タイトルRatIntestinal AP expressed in E. coli
要素Intestinal-type alkaline phosphatase 1
キーワードHYDROLASE / alpha/beta fold
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of PA / Digestion / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / Intra-Golgi traffic / alkaline phosphatase / alkaline phosphatase activity / cellular response to BMP stimulus / dephosphorylation / protease binding / external side of plasma membrane ...Synthesis of PA / Digestion / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / Intra-Golgi traffic / alkaline phosphatase / alkaline phosphatase activity / cellular response to BMP stimulus / dephosphorylation / protease binding / external side of plasma membrane / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alkaline phosphatase, active site / Alkaline phosphatase active site. / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase homologues / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Intestinal-type alkaline phosphatase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Ghosh, K. / Anumula, R.K. / Laksmaiah, B.K.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of rat intestinal alkaline phosphatase - Role of crown domain in mammalian alkaline phosphatases.
著者: Ghosh, K. / Mazumder Tagore, D. / Anumula, R. / Lakshmaiah, B. / Kumar, P.P. / Singaram, S. / Matan, T. / Kallipatti, S. / Selvam, S. / Krishnamurthy, P. / Ramarao, M.
履歴
登録2013年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Intestinal-type alkaline phosphatase 1
B: Intestinal-type alkaline phosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,4748
ポリマ－106,1922
非ポリマー2816
水4,990277
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6560 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area28000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.321, 75.726, 170.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Intestinal-type alkaline phosphatase 1 / IAP-1 / Intestinal alkaline phosphatase 1 / Intestinal alkaline phosphatase I / IAP-I


分子量: 53096.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Alpi / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15693, alkaline phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M NH4Cl, 0.1 M MES 6.5, 20 % PEG MME 2000, Vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.22 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月18日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.22 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 42064 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 1.053 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.285.90.59241451.2731100
2.28-2.3760.46141571.03199.9
2.37-2.4860.34941251.0561100
2.48-2.6160.27641551.001199.9
2.61-2.776.10.19741791.0371100
2.77-2.996.10.14341931.0131100
2.99-3.296.10.10841841.0151100
3.29-3.7660.07642141.021199.9
3.76-4.745.90.05942501.05199.5
4.74-505.70.05744621.041199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.1精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
BUSTER2.11.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1EW2

1ew2


解像度: 2.21→42.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9427 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.08 / SU R Cruickshank DPI: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2034 2109 5.05 %RANDOM
Rwork0.1674 ---
obs0.1691 41765 99.47 %-
原子変位パラメータBiso max: 151.3 Å2 / Biso mean: 41.7311 Å2 / Biso min: 19.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.37 Å20 Å20 Å2
2--0.3127 Å20 Å2
3---1.0573 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.222 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→42.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6173 0 16 277 6466
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2117SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes155HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes931HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6335HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion837SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7294SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6335HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8607HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.74
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.27 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2057 176 5.76 %
Rwork0.1826 2878 -
all0.1839 3054 -
obs--99.47 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る