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- PDB-4kis: Crystal Structure of a LSR-DNA Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kis
タイトルCrystal Structure of a LSR-DNA Complex
要素
  • (DNA (26-MER)) x 2
  • Putative integrase [Bacteriophage A118]
キーワードrecombination/DNA / recombinase domain / zinc-ribbon domain / coiled-coil motif / recombination-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand exchange activity / DNA integration / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Putative Large Serine Recombinase; Chain B, Domain 2 / Recombinase zinc beta ribbon domain / Recombinase / Recombinase zinc beta ribbon domain / DNA-binding recombinase domain / DNA-binding recombinase domain superfamily / DNA-binding recombinase domain profile. / Hect, E3 ligase catalytic domain fold / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. ...Putative Large Serine Recombinase; Chain B, Domain 2 / Recombinase zinc beta ribbon domain / Recombinase / Recombinase zinc beta ribbon domain / DNA-binding recombinase domain / DNA-binding recombinase domain superfamily / DNA-binding recombinase domain profile. / Hect, E3 ligase catalytic domain fold / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Integrase [Bacteriophage A118]
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria innocua (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Rutherford, K. / Yuan, P. / Perry, K. / Van Duyne, G.D.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Attachment site recognition and regulation of directionality by the serine integrases.
著者: Rutherford, K. / Yuan, P. / Perry, K. / Sharp, R. / Van Duyne, G.D.
履歴
登録2013年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative integrase [Bacteriophage A118]
E: DNA (26-MER)
F: DNA (26-MER)
B: Putative integrase [Bacteriophage A118]
G: DNA (26-MER)
H: DNA (26-MER)
C: Putative integrase [Bacteriophage A118]
I: DNA (26-MER)
J: DNA (26-MER)
D: Putative integrase [Bacteriophage A118]
K: DNA (26-MER)
L: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,18925
ポリマ－220,51612
非ポリマー67313
水1448
1
A: Putative integrase [Bacteriophage A118]
E: DNA (26-MER)
F: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4459
ポリマ－55,1293
非ポリマー3166
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7730 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area26010 Å2
手法PISA
2
B: Putative integrase [Bacteriophage A118]
G: DNA (26-MER)
H: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2756
ポリマ－55,1293
非ポリマー1463
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7550 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area24160 Å2
手法PISA
3
C: Putative integrase [Bacteriophage A118]
I: DNA (26-MER)
J: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2345
ポリマ－55,1293
非ポリマー1052
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7600 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area24600 Å2
手法PISA
4
D: Putative integrase [Bacteriophage A118]
K: DNA (26-MER)
L: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2345
ポリマ－55,1293
非ポリマー1052
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7920 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area23230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)290.750, 290.750, 290.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
詳細AUTHORS STATE THAT THE STRUCTURE IS OF A MONOMER AND ITS BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A MONOMER.

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Putative integrase [Bacteriophage A118]


分子量: 39155.633 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria innocua (バクテリア) / 株: CLIP 11262 / 遺伝子: int / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q928V6

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DNA鎖 , 2種, 8分子 EGIKFHJL

#2: DNA鎖
DNA (26-MER)


分子量: 7908.068 Da / 分子数: 4 / 断片: attP left half site top strand / 由来タイプ: 合成 / 詳細: attP half-site
#3: DNA鎖
DNA (26-MER)


分子量: 8065.274 Da / 分子数: 4 / 断片: attP left half site bottom strand / 由来タイプ: 合成 / 詳細: attP half-site

-
非ポリマー , 3種, 21分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.51 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: HEPES, CaCl2, MPD, glycerol , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-E10.97921
シンクロトロンAPS 24-ID-E20.97921
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2012年3月25日
ADSC QUANTUM 3152CCD2012年3月26日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si crystal 14.8 Bragg angleSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si crystal 14.8 Bragg angleSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. all: 432015 / Num. obs: 432015 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 14.25
反射 シェル解像度: 3.15→3.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.791 / % possible all: 66.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→49.86 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.256 3353 5% of reflections from native data set
Rwork0.236 --
all0.239 67072 -
obs0.239 65933 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10086 4240 13 8 14347
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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