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- PDB-4ki2: Crystallographic analysis of an RNA-polymerase sigma-subunit frag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ki2
タイトルCrystallographic analysis of an RNA-polymerase sigma-subunit fragment complexed with -10 promoter element ssDNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*GP*G)-3')
  • RNA polymerase sigma factor
キーワードTranscription/DNA / ssDNA / G-quartet / G-quadruplex / promoter recognition / promoter opening / transcription initiation / protein-DNA binding / ssDNA-binding / Transcription-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1810 / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1810 / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / RNA polymerase sigma factor SigA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Feklistov, A. / Darst, S.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Crystallographic analysis of an RNA polymerase sigma-subunit fragment complexed with -10 promoter element ssDNA: quadruplex formation as a possible tool for engineering crystal contacts ...タイトル: Crystallographic analysis of an RNA polymerase sigma-subunit fragment complexed with -10 promoter element ssDNA: quadruplex formation as a possible tool for engineering crystal contacts in protein-ssDNA complexes.
著者: Feklistov, A. / Darst, S.A.
履歴
登録2013年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年9月4日ID: 4GOR
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*GP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*GP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*GP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*GP*G)-3')
A: RNA polymerase sigma factor
B: RNA polymerase sigma factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,92511
ポリマ－69,7306
非ポリマー1955
水00
1
D: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*GP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*GP*G)-3')
A: RNA polymerase sigma factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0608
ポリマ－34,8653
非ポリマー1955
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*GP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*GP*G)-3')
B: RNA polymerase sigma factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8653
ポリマ－34,8653
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.110, 118.110, 200.845
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-101-

K

21D-102-

K

31D-103-

K

41G-101-

K

51G-102-

K

-
要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*GP*G)-3')


分子量: 3413.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: sequence from non-template strand of -10 bacterial promoter element
#2: タンパク質 RNA polymerase sigma factor


分子量: 28038.398 Da / 分子数: 2 / Fragment: domains 2-3, (UNP residues 92-332) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EZJ8
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.58 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris, pH 8.5, 5% w/v PEG8000, 20% w/v PEG300, 10% v/v glycerol, 0.15% w/v mellitic acid, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月22日
放射モノクロメーター: single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→29.53 Å / Num. all: 13096 / Num. obs: 13060 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 14.4 %
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 13 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 620 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→29.53 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2622 1306 10 %
Rwork0.2116 --
obs0.2163 13056 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→29.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3152 569 5 0 3726
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013925
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3765424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4231527
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072591
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005616
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.43160.41771400.37081263X-RAY DIFFRACTION100
3.4316-3.58750.36621420.32761277X-RAY DIFFRACTION100
3.5875-3.77630.30781410.271263X-RAY DIFFRACTION100
3.7763-4.01230.26261420.22671277X-RAY DIFFRACTION100
4.0123-4.32130.22391430.17981288X-RAY DIFFRACTION100
4.3213-4.75450.24521440.17641302X-RAY DIFFRACTION100
4.7545-5.43880.21431460.17951306X-RAY DIFFRACTION100
5.4388-6.83820.25541480.22591336X-RAY DIFFRACTION100
6.8382-29.530.25991600.19051438X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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