PDB-4kht: Triple helix bundle of GP41 complexed with fab 8066

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kht

タイトル

Triple helix bundle of GP41 complexed with fab 8066

要素

8066 heavy chain
8066 light chain
Gp41 helix

キーワード

IMMUNE SYSTEM / GP41 fab immune system

機能・相同性

機能・相同性情報

viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Human Immunodeficiency Virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.817 Å

データ登録者

Li, M. / Gustchina, A. / Wlodawer, A.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Complexes of neutralizing and non-neutralizing affinity matured Fabs with a mimetic of the internal trimeric coiled-coil of HIV-1 gp41.
著者: Gustchina, E. / Li, M. / Ghirlando, R. / Schuck, P. / Louis, J.M. / Pierson, J. / Rao, P. / Subramaniam, S. / Gustchina, A. / Clore, G.M. / Wlodawer, A.

履歴

登録	2013年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / software / Item: _audit_author.name
改定 1.2	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kht.cif.gz	199.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kht.ent.gz	162.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kht.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kht_validation.pdf.gz	446 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kht_full_validation.pdf.gz	463.6 KB	表示
XML形式データ	4kht_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	4kht_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/4kht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/4kht	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4khxC 3ma9 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4khx-d 4im3-d 6bod-d 6rst-d 6rsr-d 5w1a-1 5w5v-d 4iwq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (2) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (2) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (2)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (2)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Gp41 helix

H: 8066 heavy chain

L: 8066 light chain

56.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Gp41 helix

H: 8066 heavy chain

L: 8066 light chain

A: Gp41 helix

H: 8066 heavy chain

L: 8066 light chain

A: Gp41 helix

H: 8066 heavy chain

L: 8066 light chain

ソフトウェアが定義した集合体
170 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.416, 104.416, 97.127
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質	Gp41 helix 分子量: 7574.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human Immunodeficiency Virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1YNW7*PLUS
#2: 抗体	8066 heavy chain 分子量: 26305.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	8066 light chain 分子量: 22640.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 10% PEG4k, 20%isopropranol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月12日
放射	モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 14235 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 23.45
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique all: 929 / R_sym value: 0.328 / % possible all: 62.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.817→35.558 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2656	716	5.04 %	random
R_work	0.2146	-	-	-
obs	0.2171	14212	93.56 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 90.71 Å² / k_sol: 0.298 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-17.9822 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-17.9822 Å²	-0 Å²
3-	-	-	35.6595 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.817→35.558 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3688	0	0	0	3688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3774
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.337	5133
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.169	1352
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	583
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	659

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.817-3.0344	0.4257	98	0.3213	1989	X-RAY DIFFRACTION	70
3.0344-3.3395	0.3173	164	0.2627	2753	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3395-3.8223	0.2798	169	0.2154	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8223-4.8137	0.2089	137	0.1857	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8137-35.5611	0.2681	148	0.2116	3012	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5608	-0.2639	0.2144	0.1449	0.3925	1.8945	0.5717	1.5037	-0.0376	0.257	-1.3746	0.1379	0.0444	0.2753	-0.2769	2.4864	0.7102	0.0107	2.9705	-0.4876	0.6331	55.3389	24.3882	-41.0647
2	1.6855	-0.465	-1.3438	1.0801	0.0633	6.0823	-0.8532	0.4162	-0.022	-0.643	-0.4315	0.9431	-0.34	-0.5399	-0.0177	0.8705	-0.1226	-0.0482	1.0041	0.1045	0.0466	46.9462	29.2344	7.2308
3	7.1877	0.877	-0.3228	5.3541	-0.827	3.0979	0.141	-0.5868	-0.4996	0.1398	-0.0527	0.7167	-0.1028	0.2389	-0.0741	0.3934	-0.0027	0.0819	0.4609	-0.0344	0.3503	29.6838	26.5027	28.1294
4	3.2008	0.6683	0.9693	2.1463	0.0229	2.4349	0.3558	0.8285	-0.3128	-0.411	0.5825	1.9182	0.6859	-0.6841	-0.5142	1.0451	-0.1823	-0.1884	1.3618	0.029	1.9533	1.6809	17.1143	24.8663
5	3.8267	-2.3588	-1.1178	3.501	-1.3662	2.91	0.0229	0.7608	1.8258	-0.4027	0.2704	1.4966	-0.738	-0.4137	-0.23	0.7479	0.1001	-0.0372	0.737	0.245	1.4545	23.6969	44.578	17.8718
6	0.9013	-0.6568	-0.2733	0.7752	-0.2083	0.877	-0.4786	0.2801	0.1254	0.2134	0.2489	1.5473	0.3918	-1.5668	-0.2181	-0.1776	-0.11	0.1594	1.6684	0.8269	3.1486	-10.3493	28.7757	28.6333

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:26 )	A	2 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 27:67 )	A	27 - 67
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN H AND RESID 3:119 )	H	3 - 119
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN H AND RESID 143:220 )	H	143 - 220
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN L AND RESID 2:109 )	L	2 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN L AND RESID 110:210 )	L	110 - 210

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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