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- PDB-4khm: HCV NS5B GT1A with GSK5852 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4khm
タイトルHCV NS5B GT1A with GSK5852
要素HCV Polymerase
キーワードREPLICATION/REPLICATION INHIBITOR / HCV Polymerase / HCV NS5B / Site IV Inhibitor / boron / P66 / P70 / RNA dependent RNA Polymerase / RNA directed RNA Polymerase / REPLICATION-REPLICATION INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet ...: / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b ...Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PV / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus subtype 1a (C型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Williams, S.P. / Kahler, K.M. / Shotwell, J.B.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Discovery of a Potent Boronic Acid Derived Inhibitor of the HCV RNA-Dependent RNA Polymerase.
著者: Maynard, A. / Crosby, R.M. / Ellis, B. / Hamatake, R. / Hong, Z. / Johns, B.A. / Kahler, K.M. / Koble, C. / Leivers, A. / Leivers, M.R. / Mathis, A. / Peat, A.J. / Pouliot, J.J. / Roberts, C. ...著者: Maynard, A. / Crosby, R.M. / Ellis, B. / Hamatake, R. / Hong, Z. / Johns, B.A. / Kahler, K.M. / Koble, C. / Leivers, A. / Leivers, M.R. / Mathis, A. / Peat, A.J. / Pouliot, J.J. / Roberts, C.D. / Samano, V. / Schmidt, R.M. / Smith, G.K. / Spaltenstein, A. / Stewart, E.L. / Thommes, P. / Turner, E.M. / Voitenleitner, C. / Walker, J.T. / Waitt, G. / Weatherhead, J. / Weaver, K. / Williams, S. / Wright, L. / Xiong, Z.Z. / Haigh, D. / Shotwell, J.B.
履歴
登録2013年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Database references
改定 1.22014年3月26日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HCV Polymerase
B: HCV Polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,85211
ポリマ－128,0712
非ポリマー1,7819
水16,610922
1
A: HCV Polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7824
ポリマ－64,0351
非ポリマー7463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: HCV Polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0707
ポリマ－64,0351
非ポリマー1,0356
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.030, 61.111, 91.682
Angle α, β, γ (deg.)89.63, 87.06, 80.91
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 HCV Polymerase / RNA-directed RNA polymerase / NS5B / p68


分子量: 64035.348 Da / 分子数: 2 / 断片: HCV Polymerase 1-571, UNP residues 2421-2990 / 変異: F101Y, C110S, R113S, K114R / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal 6xHis tag
由来: (組換発現) Hepatitis C virus subtype 1a (C型肝炎ウイルス)
株: genotype 1A / 遺伝子: NS5B / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1PPP0, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-1PV / [4-({[5-cyclopropyl-2-(4-fluorophenyl)-3-(methylcarbamoyl)-1-benzofuran-6-yl](methylsulfonyl)amino}methyl)-2-fluorophenyl]boronic acid / GSK5852 / GSK-5852


分子量: 554.370 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H25BF2N2O6S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / 詳細: chemically synthesized
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 922 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.24 %
結晶化温度: 298 K / pH: 5
詳細: 0.1M Hepes pH7.5, 14% PEG6000, 0.2M ammonium sulfate, 10% glycerol, pH 5.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月17日 / 詳細: MULTILAYER MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→50 Å / Num. obs: 130250 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.66→1.72 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.587 / % possible all: 95.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.59 Å29.15 Å
Translation2.59 Å29.15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→29.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.107 / SU ML: 0.051 / SU R Cruickshank DPI: 0.0255 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.022 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 8720 7.2 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.193 121640 97.3 %-
all-124951 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.3 Å2-3.12 Å20.78 Å2
2---1 Å2-3.16 Å2
3----6.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8544 0 113 922 9579
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0228917
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025983
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9491.97412169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.027314547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.64651150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.35522.442344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.653151416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.321571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.21372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219967
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021850
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 617 -
Rwork0.242 8063 -
obs--94.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1099-0.0223-0.00910.5075-0.05020.1323-0.00770.0006-0.01330.00040.0182-0.0286-0.0052-0.0048-0.01050.01010.00960.01770.01060.01560.0329-9.392-13.72321.727
20.1142-0.0222-0.02170.44230.07040.0982-0.00890.00030.011-0.05440.00820.0170.00020.00520.00070.01890.0120.01310.01590.02050.02849.21214.225-22.212
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 562
2X-RAY DIFFRACTION1A601
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 562
4X-RAY DIFFRACTION2B601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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