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- PDB-4kh6: Toxoplasma gondii NTPDase1 C258S/C268S E493G crystallized with Mg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kh6
タイトルToxoplasma gondii NTPDase1 C258S/C268S E493G crystallized with Mg and AMPNP
要素Nucleoside-triphosphatase 2
キーワードHYDROLASE / Actin-like fold / NTPDase
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-containing vacuole / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #530 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #540 / Nucleoside-triphosphatase, alveolata / GDA1/CD39 family of nucleoside phosphatases signature. / Nucleoside phosphatase GDA1/CD39 / GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AU1 / Nucleoside-triphosphatase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / Refined with PDB-ID 4A5B / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Krug, U. / Totzauer, R. / Strater, N.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2013
タイトル: The ATP/ADP substrate specificity switch between Toxoplasma gondii NTPDase1 and NTPDase3 is caused by an altered mode of binding of the substrate base.
著者: Krug, U. / Totzauer, R. / Zebisch, M. / Strater, N.
履歴
登録2013年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Structure summary
改定 1.22014年8月20日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.42024年11月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside-triphosphatase 2
B: Nucleoside-triphosphatase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,8456
ポリマ－135,9442
非ポリマー9014
水9,080504
1
A: Nucleoside-triphosphatase 2
B: Nucleoside-triphosphatase 2
ヘテロ分子

A: Nucleoside-triphosphatase 2
B: Nucleoside-triphosphatase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,69012
ポリマ－271,8884
非ポリマー1,8028
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area17750 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area90520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.710, 150.240, 241.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Nucleoside-triphosphatase 2 / NTPase-II / Nucleoside triphosphate hydrolase 2 / Nucleoside-triphosphatase II


分子量: 67972.016 Da / 分子数: 2 / 変異: C258S, C268S, E493G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: NTP1 / プラスミド: pET20b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS
参照: UniProt: Q27895, nucleoside-triphosphate phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-AU1 / 5'-O-[(R)-hydroxy(phosphonoamino)phosphoryl]adenosine / Adenosine 5-(alpha,beta-imido)diphosphate / アデノシン5′-[α,β-イミド]二りん酸


分子量: 426.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N6O9P2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 100 mM Tris (pH 8.8), 50 mM MgCl2, 25% (v/v) pentaerythritol propoxylate (17/8 PO/OH), 10 mM AMPNP, 10 mM magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→39.19 Å / Num. obs: 52805 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 45.18 Å2
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: Refined with PDB-ID 4A5B / 解像度: 2.4→24.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9434 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9147 / SU R Cruickshank DPI: 0.349 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE ELECTRON DENSITY INDICATES BINDING OF THE ADENINE BASE OF AMPNP IN A PUTATIVE TGNTPDASE3 ADP-PRODUCT BINDING MODE. HOWEVER, DUE TO THE WEAK DENSITY THE OCCUPANCY OF THE LIGAND WAS SET TO 0.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2131 1083 2.06 %RANDOM
Rwork0.1696 ---
obs0.1705 52612 99.65 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.8767 Å20 Å20 Å2
2--2.4129 Å20 Å2
3---0.4637 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.267 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→24.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9277 0 38 504 9819
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019509HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1612890HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3353SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes251HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1376HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9509HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.61
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1227SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10809SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3184 77 2.06 %
Rwork0.2047 3663 -
all0.207 3740 -
obs--99.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01540.65042.1941.1754-0.86870.6599-0.03130.1974-0.13560.10420.00110.0631-0.0393-0.06730.0302-0.28610.00970.03150.2915-0.0636-0.0816-6.8968-27.8478-92.8079
21.02950.1021-0.40810.6194-0.18112.1211-0.0552-0.0258-0.1461-0.0232-0.0181-0.0220.23980.10790.0732-0.1061-0.01790.0158-0.08150.0091-0.0237-12.4682-27.8376-45.2115
30.9096-0.85291.40430.28220.41470.90620.00320.02750.01750.0668-0.00610.05840.00360.0150.0029-0.051-0.00260.04260.05860.03910.0189-23.40050.2589-61.6356
40.86210.2979-0.11971.1059-0.28420.6590.0561-0.04560.03180.08480.0050.1614-0.0559-0.0933-0.0611-0.08870.00660.0269-0.04590.0014-0.0122-36.4338-19.904-31.9183
50.066-1.00232.07563.20460.1251.64610.0171-0.20240.03090.1799-0.07660.1081-0.1102-0.0410.05950.0307-0.03370.0144-0.0066-0.0119-0.0785-19.3913-18.13-14.1925
60.7007-2.6726-1.38041.54240.27910-0.0187-0.04910.01310.0020.0033-0.0104-0.08990.14810.0154-0.0788-0.1207-0.02470.29360.0319-0.197730.311614.1253-73.9611
71.1729-0.0355-0.39850.78470.01921.23020.0390.08370.07450.0158-0.0234-0.0075-0.14360.0018-0.0156-0.0365-0.01420.0096-0.1074-0.0062-0.0448-4.879514.2743-41.4037
81.8018-0.19190.333200.40710.5786-0.0225-0.01960.0193-0.0284-0.0129-0.01230.01550.03790.0354-0.0367-0.00380.01230.02790.05170.034914.7488-13.6779-42.7071
90.6341-0.3661-0.29591.13760.20941.91160.0053-0.24030.08540.2680.0891-0.1542-0.36820.4833-0.0943-0.0161-0.0988-0.0058-0.0564-0.0289-0.1426-0.85586.7496-14.4607
100.9563-0.0767-2.71320.5605-2.05341.8375-0.0065-0.1264-0.02760.1615-0.01840.058-0.0222-0.17840.02490.04680.00910.1203-0.0954-0.0171-0.0505-25.45844.7077-17.217
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|34 - A|58}A34 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2{A|59 - A|256 A|586 - A|629}A59 - 256
3X-RAY DIFFRACTION2{A|59 - A|256 A|586 - A|629}A586 - 629
4X-RAY DIFFRACTION3{A|257 - A|268}A257 - 268
5X-RAY DIFFRACTION4{A|269 - A|394 A|425 - A|585}A269 - 394
6X-RAY DIFFRACTION4{A|269 - A|394 A|425 - A|585}A425 - 585
7X-RAY DIFFRACTION5{A|395 - A|424}A395 - 424
8X-RAY DIFFRACTION6{B|34 - B|58}B34 - 58
9X-RAY DIFFRACTION7{B|59 - B|256 B|586 - B|629}B59 - 256
10X-RAY DIFFRACTION7{B|59 - B|256 B|586 - B|629}B586 - 629
11X-RAY DIFFRACTION8{B|257 - B|268}B257 - 268
12X-RAY DIFFRACTION9{B|269 - B|394 B|425 - B|585}B269 - 394
13X-RAY DIFFRACTION9{B|269 - B|394 B|425 - B|585}B425 - 585
14X-RAY DIFFRACTION10{B|395 - B|424}B395 - 424

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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