PDB-4kh5: Toxoplasma gondii NTPDase1 C258S/C268S in complex with Mg and AMPNP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kh5

タイトル

Toxoplasma gondii NTPDase1 C258S/C268S in complex with Mg and AMPNP

要素

Nucleoside-triphosphatase 2

キーワード

HYDROLASE / Actin-like fold / NTPDase

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-containing vacuole / nucleoside diphosphate catabolic process / nucleoside diphosphate phosphatase activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Refined with Refmac, PDB-ID 4A5B / 解像度: 3 Å

データ登録者

Krug, U. / Totzauer, R. / Strater, N.

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2013
タイトル: The ATP/ADP substrate specificity switch between Toxoplasma gondii NTPDase1 and NTPDase3 is caused by an altered mode of binding of the substrate base.
著者: Krug, U. / Totzauer, R. / Zebisch, M. / Strater, N.

履歴

登録	2013年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月25日	Group: Structure summary
改定 1.2	2014年8月20日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kh5.cif.gz	468.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kh5.ent.gz	383.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kh5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/4kh5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/4kh5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kh4C 4kh6C 4a57 4a59 4a5a 4a5b 4jep C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kh6-1 4a5a-1 4kh4-1 6teo-d 4f92-d 22777 4a5a-2 1ekm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoside-triphosphatase 2

B: Nucleoside-triphosphatase 2

ヘテロ分子

137 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoside-triphosphatase 2

B: Nucleoside-triphosphatase 2

ヘテロ分子

A: Nucleoside-triphosphatase 2

B: Nucleoside-triphosphatase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
274 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.537, 150.250, 240.967
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Nucleoside-triphosphatase 2 / NTPase-II / Nucleoside triphosphate hydrolase 2 / Nucleoside-triphosphatase II 分子量: 68173.195 Da / 分子数: 2 / 変異: C258S, C268S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: NTP1 / プラスミド: pET20b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS 参照: UniProt: Q27895, nucleoside-triphosphate phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-AU1 / 5'-O-[(R)-hydroxy(phosphonoamino)phosphoryl]adenosine / Adenosine 5-(alpha,beta-imido)diphosphate / アデノシン5′-[α,β-イミド]二りん酸分子量: 426.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₆O₉P₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.61 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 100 mM Tris (pH 8.8), 50 mM MgCl2, 24% (v/v) pentaerythritol propoxylate (17/8 PO/OH), 10 mM AMPNP, 10 mM magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→38.93 Å / Num. obs: 25182 / % possible obs: 93 % / B_iso Wilson estimate: 51.87 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
BUSTER	2.10.0	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: Refined with Refmac, PDB-ID 4A5B / 解像度: 3→38.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8141 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.7239 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: AN ADDITIONAL ALTERNATIVE CONFORMATION OF THE ADENINE BASE OF AMPNP APPEARS POSSIBLE BASED ON THE 3.0 A ELECTRON DENSITY MAPS. THE DENSITY SUGGESTS THAT AMPNP WITH AN OCCUPANCY OF 0.8 ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2431	524	2.08 %	RANDOM
R_work	0.2078	-	-	-
obs	0.2085	25144	92.46 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	11.3418 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	11.9034 Å²	0 Å²
3-	-	-	-23.2451 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.425 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→38.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9229	0	38	0	9267

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.007	9488	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.97	12864	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3350	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		251	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1367	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		9488	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	1.79
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.66
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1225	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		10532	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3→3.12 Å / Total num. of bins used: 13

	R_factor	反射数	%反射
all	0.2518	2565	-
R_work	-	2517	-
R_free	-	-	1.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6907	1.4632	-0.8716	0.0042	1.2387	0	0.0079	0.0222	-0.0562	-0.0174	-0.0223	0.0107	0.0264	0.002	0.0143	-0.0471	-0.0247	0.0336	0.1131	0.0064	-0.0442	-7.1238	-27.6342	-91.9848
2	1.5743	-0.069	-0.0352	0.8532	-0.2123	2.4004	-0.0087	-0.0021	-0.1454	-0.0275	-0.0293	-0.0852	0.1766	-0.0647	0.0381	-0.0329	-0.0376	0.0589	-0.0603	-0.008	-0.1248	-12.3848	-27.8827	-45.0513
3	0	0.0062	0.8697	0.1489	0.444	0.2657	0.0014	-0.0021	0.0105	-0.0186	0.0089	0.0253	-0.0545	-0.0224	-0.0103	0.0002	0.0599	-0.0029	0.0749	0.0545	-0.0407	-23.2076	0.1432	-61.5756
4	1.496	0.2885	0.1602	1.2424	0.0751	1.1503	-0.0185	-0.0335	0.0456	0.1622	0.118	0.2171	-0.0835	-0.1812	-0.0995	-0.0323	-0.01	0.0827	-0.0284	-0.0447	-0.1665	-35.8697	-19.7733	-31.8558
5	0	-0.7255	-0.8088	1.2584	-0.6856	1.1779	-0.0085	-0.0715	-0.0442	0.0424	-0.0375	0.0099	-0.0797	-0.0631	0.046	0.2036	-0.1344	0.0238	0.0047	-0.0417	-0.2077	-19.2083	-18.1333	-14.1284
6	0.169	-0.0527	0.7186	0.0002	0.8894	1.4471	-0.0064	-0.0218	0.0161	0.0475	-0.0266	-0.0354	-0.0009	0.0175	0.033	0.0471	-0.0964	-0.0036	0.0709	0.0343	-0.1139	28.8379	13.488	-73.074
7	2.5535	-0.422	-0.3034	1.0075	-0.071	1.2427	0.0252	-0.006	0.0821	-0.0857	-0.0293	-0.0021	-0.3088	0.0616	0.0041	0.0853	-0.0553	0.0521	-0.1171	-0.0305	-0.1695	-4.7846	14.145	-41.28
8	0.7562	0.6579	-1.6099	0.0808	0.1348	0	-0.0159	-0.0397	0.0249	0.0068	-0.0098	-0.0239	0.0387	-0.0011	0.0257	-0.0622	-0.0961	0.1324	0.0251	-0.0519	0.0201	14.8572	-13.7777	-42.6324
9	0.9411	-0.0828	0.1572	1.3152	-0.0131	2.1423	0.016	-0.2196	-0.0976	0.2693	0.0273	-0.2222	-0.2478	0.255	-0.0433	0.062	-0.0783	0.0288	-0.0197	-0.0034	-0.2805	-0.7162	6.8444	-14.3319
10	0	-0.9228	-1.8625	0.2286	-0.5412	1.1473	0	-0.0407	-0.0484	0.0411	-0.0297	-0.0074	-0.0505	-0.0383	0.0297	0.1632	-0.026	0.1213	-0.0217	-0.0042	-0.1395	-25.2325	4.5732	-17.1018

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|35 - A\|58}	A	35 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|59 - A\|256 A\|586 - A\|629}	A	59 - 256
3	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|59 - A\|256 A\|586 - A\|629}	A	586 - 629
4	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|257 - A\|268}	A	257 - 268
5	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|269 - A\|394 A\|425 - A\|585}	A	269 - 394
6	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|269 - A\|394 A\|425 - A\|585}	A	425 - 585
7	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|395 - A\|424}	A	395 - 424
8	X-RAY DIFFRACTION	6	{B\|37 - B\|58}	B	37 - 58
9	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|59 - B\|256 B\|586 - B\|629}	B	59 - 256
10	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|59 - B\|256 B\|586 - B\|629}	B	586 - 629
11	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|257 - B\|268}	B	257 - 268
12	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|269 - B\|394 B\|425 - B\|585}	B	269 - 394
13	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|269 - B\|394 B\|425 - B\|585}	B	425 - 585
14	X-RAY DIFFRACTION	10	{B\|395 - B\|424}	B	395 - 424

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