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万見
- PDB-4kh3: Structure of a bacterial self-associating protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kh3
タイトルStructure of a bacterial self-associating protein
要素Antigen 43
キーワードIMMUNE SYSTEM / Self-associating protein / Uropathogenic Escherichia coli / AIDA-I type autotransporter / Ag43 / aggregation / biofilm
機能・相同性
機能・相同性情報


Adhesin of bacterial autotransporter system / Adhesin of bacterial autotransporter system, probable stalk / Pectate Lyase C-like - #20 / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily ...Adhesin of bacterial autotransporter system / Adhesin of bacterial autotransporter system, probable stalk / Pectate Lyase C-like - #20 / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Antigen 43 / Antigen 43
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Heras, B. / Gee, C.L. / Schembri, M.A. / Totsika, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: The antigen 43 structure reveals a molecular Velcro-like mechanism of autotransporter-mediated bacterial clumping.
著者: Heras, B. / Totsika, M. / Peters, K.M. / Paxman, J.J. / Gee, C.L. / Jarrott, R.J. / Perugini, M.A. / Whitten, A.E. / Schembri, M.A.
履歴
登録2013年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Derived calculations
改定 1.22015年6月17日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antigen 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8848
ポリマ－50,1691
非ポリマー7147
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.045, 106.045, 147.545
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-768-

HOH

21A-778-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Antigen 43


分子量: 50169.238 Da / 分子数: 1 / 断片: alpha domain, UNP RESIDUES 55-554 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CFT073 / 遺伝子: agn43, c3655 / プラスミド: pETLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q8CVR0, UniProt: A0A0H2VAW5*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4
詳細: 2.8M sodium malonate pH 4, 10mM ATP, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAustralian Synchrotron MX110.954383
シンクロトロンAustralian Synchrotron MX120.953663
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 210r1CCD2009年8月1日mirrors
ADSC QUANTUM 210r2CCD2010年4月14日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double Si with sagittaly bent second crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double Si with sagittaly bent second crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9543831
20.9536631
反射解像度: 2.5→19.7 Å / Num. all: 29768 / Num. obs: 29768 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.124
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 4278 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceGUI interface to EPICS controlデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→19.692 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2156 2784 9.36 %RANDOM
Rwork0.1676 ---
all0.1721 29742 --
obs0.1721 29742 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.679 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3801 Å2-0 Å20 Å2
2--0.3801 Å2-0 Å2
3----0.7601 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.692 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3445 0 49 306 3800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073568
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0044846
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2211241
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065580
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003659
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5001-2.54310.32551400.2538131899
2.5431-2.58920.33241320.25741322100
2.5892-2.63890.31791300.21871332100
2.6389-2.69260.27161320.2051324100
2.6926-2.7510.27021350.19461317100
2.751-2.81490.22261350.19221322100
2.8149-2.8850.25491410.17161343100
2.885-2.96280.24411380.17391324100
2.9628-3.04970.24041410.16241320100
3.0497-3.14770.19631380.16641328100
3.1477-3.25970.21761370.1591339100
3.2597-3.38960.19651380.16091341100
3.3896-3.54310.2351410.16881341100
3.5431-3.72870.20231390.151342100
3.7287-3.96050.19821400.15811356100
3.9605-4.26340.17411410.13591353100
4.2634-4.68720.14921420.11321369100
4.6872-5.35350.18451440.13621380100
5.3535-6.70050.21621450.18681405100
6.7005-19.69270.23271550.22031482100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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