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- PDB-4kgm: Bacterial tRNA(HIS) Guanylyltransferase (Thg1)-Like Protein in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kgm
タイトルBacterial tRNA(HIS) Guanylyltransferase (Thg1)-Like Protein in complex with ATP
要素Thg1-like uncharacterized protein
キーワードTRANSFERASE / polymerase palm-like catalytic domain / GTP and tRNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA guanylyltransferase activity / tRNA modification / GTP binding / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
tRNAHis guanylyltransferase Thg1 / tRNAHis guanylyltransferase catalytic domain / tRNAHis guanylyltransferase Thg1 superfamily / tRNAHis guanylyltransferase / tRNA(His) guanylyltransferase (Thg1) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / tRNAHis guanylyltransferase catalytic domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thuringiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.361 Å
データ登録者Hyde, S.J. / Rao, B.S. / Eckenroth, B.E. / Jackman, J.E. / Doublie, S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural Studies of a Bacterial tRNA(HIS) Guanylyltransferase (Thg1)-Like Protein, with Nucleotide in the Activation and Nucleotidyl Transfer Sites.
著者: Hyde, S.J. / Rao, B.S. / Eckenroth, B.E. / Jackman, J.E. / Doublie, S.
履歴
登録2013年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thg1-like uncharacterized protein
B: Thg1-like uncharacterized protein
C: Thg1-like uncharacterized protein
D: Thg1-like uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,02124
ポリマ－114,0504
非ポリマー2,97120
水8,179454
1
A: Thg1-like uncharacterized protein
B: Thg1-like uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Thg1-like uncharacterized protein
B: Thg1-like uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,02124
ポリマ－114,0504
非ポリマー2,97120
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area16740 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area36950 Å2
手法PISA
2
C: Thg1-like uncharacterized protein
D: Thg1-like uncharacterized protein
ヘテロ分子

C: Thg1-like uncharacterized protein
D: Thg1-like uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,02124
ポリマ－114,0504
非ポリマー2,97120
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_756-x+2,y,-z+3/21
Buried area16720 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area37950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.156, 218.343, 126.056
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-458-

HOH

21B-435-

HOH

31B-468-

HOH

41C-451-

HOH

51D-466-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Thg1-like uncharacterized protein


分子量: 28512.436 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア)
遺伝子: RBTH_06728 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3F0V8

-
非ポリマー , 5種, 474分子

#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 13% (w/v) polyethylene glycol 4000, 50 mM MgSO4 and 100 mM Tris(2-carboxyethyl) phosphine, pH 7 and ~1 mM ATP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年4月26日
放射モノクロメーター: ADJUSTABLE FOCUSING MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 56500 / Num. obs: 56361 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.35→2.45 Å / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.361→36.7 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2321 5679 10.12 %
Rwork0.1987 --
obs0.2021 56140 99.48 %
all-107600 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.361→36.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7266 0 176 454 7896
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037611
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7210342
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6162752
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481098
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031308
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.361-2.38780.27771490.2631502X-RAY DIFFRACTION90
2.3878-2.41590.29072060.2561626X-RAY DIFFRACTION98
2.4159-2.44540.26952010.24191648X-RAY DIFFRACTION99
2.4454-2.47630.30651900.25161639X-RAY DIFFRACTION100
2.4763-2.50890.27252030.23371665X-RAY DIFFRACTION100
2.5089-2.54330.28371950.23691677X-RAY DIFFRACTION100
2.5433-2.57960.27921880.24071641X-RAY DIFFRACTION100
2.5796-2.61810.27831630.23441699X-RAY DIFFRACTION100
2.6181-2.6590.2541800.22581713X-RAY DIFFRACTION100
2.659-2.70260.26981880.21811639X-RAY DIFFRACTION100
2.7026-2.74920.25631820.21771691X-RAY DIFFRACTION100
2.7492-2.79910.28341940.22961681X-RAY DIFFRACTION100
2.7991-2.85290.25492030.20761696X-RAY DIFFRACTION100
2.8529-2.91120.23561850.20631672X-RAY DIFFRACTION100
2.9112-2.97440.26951840.20361663X-RAY DIFFRACTION100
2.9744-3.04360.24821920.19861675X-RAY DIFFRACTION100
3.0436-3.11970.25251620.20611710X-RAY DIFFRACTION100
3.1197-3.2040.25831860.20341686X-RAY DIFFRACTION100
3.204-3.29820.24071920.20751682X-RAY DIFFRACTION100
3.2982-3.40460.25371880.19591725X-RAY DIFFRACTION100
3.4046-3.52620.2491900.21031678X-RAY DIFFRACTION100
3.5262-3.66720.21981940.19871683X-RAY DIFFRACTION100
3.6672-3.8340.23372070.18891664X-RAY DIFFRACTION100
3.834-4.03590.22351670.18671729X-RAY DIFFRACTION100
4.0359-4.28840.19921870.1711707X-RAY DIFFRACTION100
4.2884-4.61890.18611980.14731700X-RAY DIFFRACTION100
4.6189-5.08260.20232090.16561699X-RAY DIFFRACTION100
5.0826-5.81560.20212030.19021714X-RAY DIFFRACTION100
5.8156-7.31750.24711910.2141754X-RAY DIFFRACTION100
7.3175-36.70440.19642020.20561803X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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