PDB-4kea: Crystal structure of D196N mutant of Monoglyceride lipase from Ba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kea

タイトル

Crystal structure of D196N mutant of Monoglyceride lipase from Bacillus sp. H257 in space group P212121

要素

Thermostable monoacylglycerol lipase

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta hydrolase / monoglyceride lipase

機能・相同性

機能・相同性情報

acylglycerol lipase / monoacylglycerol lipase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Rengachari, S. / Aschauer, P. / Gruber, K. / Dreveny, I. / Oberer, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Conformational plasticity and ligand binding of bacterial monoacylglycerol lipase.
著者: Rengachari, S. / Aschauer, P. / Schittmayer, M. / Mayer, N. / Gruber, K. / Breinbauer, R. / Birner-Gruenberger, R. / Dreveny, I. / Oberer, M.

履歴

登録	2013年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.2	2013年11月20日	Group: Database references
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kea.cif.gz	317 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kea.ent.gz	258.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kea.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kea_validation.pdf.gz	505 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kea_full_validation.pdf.gz	524.9 KB	表示
XML形式データ	4kea_validation.xml.gz	64.2 KB	表示
CIF形式データ	4kea_validation.cif.gz	89.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/4kea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/4kea	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ke6C 4ke7C 4ke8C 4ke9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1zip-d 3abe-d 4fva-2 4qo2-d 5xks-1 1lec-d 6lv3-d 4ke8-3 1o4y-d 4ke9-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thermostable monoacylglycerol lipase

B: Thermostable monoacylglycerol lipase

C: Thermostable monoacylglycerol lipase

D: Thermostable monoacylglycerol lipase

E: Thermostable monoacylglycerol lipase

F: Thermostable monoacylglycerol lipase

ヘテロ分子

180 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Thermostable monoacylglycerol lipase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Thermostable monoacylglycerol lipase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Thermostable monoacylglycerol lipase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Thermostable monoacylglycerol lipase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Thermostable monoacylglycerol lipase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Thermostable monoacylglycerol lipase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	39.165, 183.131, 244.704
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Thermostable monoacylglycerol lipase / MGLP 分子量: 29559.623 Da / 分子数: 6 / 変異: D196N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: H-257 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P82597, acylglycerol lipase
#2: 化合物	... ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 904 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.9 詳細: 0.1 M HEPES pH 6.9, 54% v/v MPD, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月4日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 195210 / Num. obs: 195210 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.2 % / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 22.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.79	6.6	0.406	1.9	0.406	1	100
1.79-1.9	6.4	0.242	3.3	0.242	1	100
1.9-2.03	6.6	0.148	5.2	0.148	1	100
2.03-2.19	7	0.103	7.4	0.103	1	100
2.19-2.4	6.9	0.077	9.7	0.077	1	100
2.4-2.69	7.6	0.063	11.1	0.063	1	100
2.69-3.1	10.7	0.053	12.1	0.053	1	100
3.1-3.8	13.1	0.046	12.9	0.046	1	100
3.8-5.38	12.6	0.04	14.7	0.04	1	100
5.38-19.882	12.6	0.035	15.4	0.035	1	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8_1069	精密化
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
SCALA	3.3.20	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→19.882 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2106	9832	5.04 %
R_work	0.1909	-	-
obs	0.1919	195079	99.99 %
all	-	195079	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.1756 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.882 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11327	0	192	904	12423

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	12049
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.954	16465
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.111	4438
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.18	1872
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2109

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.2999	334	0.2679	5984	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7193-1.7395	0.2865	301	0.2668	6076	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7395-1.7607	0.3249	328	0.2589	6169	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7607-1.783	0.2802	334	0.2526	6166	X-RAY DIFFRACTION	100
1.783-1.8064	0.2674	318	0.2456	5965	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8064-1.8312	0.2781	293	0.2412	6142	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8312-1.8573	0.2536	330	0.2346	6174	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8573-1.885	0.2397	320	0.2309	6069	X-RAY DIFFRACTION	100
1.885-1.9145	0.2632	301	0.2274	6110	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9145-1.9458	0.2486	332	0.2312	6168	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9458-1.9793	0.2602	280	0.2316	6128	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9793-2.0153	0.2219	330	0.2228	6108	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0153-2.054	0.2487	322	0.2178	6210	X-RAY DIFFRACTION	100
2.054-2.0959	0.2459	349	0.2252	6033	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0959-2.1414	0.2608	294	0.2188	6165	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1414-2.1912	0.2387	337	0.2063	6187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1912-2.2459	0.2289	331	0.2098	6060	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2459-2.3065	0.2404	319	0.2009	6275	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3065-2.3743	0.2247	334	0.2018	6056	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3743-2.4508	0.2242	332	0.2029	6240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4508-2.5382	0.2281	343	0.1984	6072	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5382-2.6396	0.2073	327	0.1954	6218	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6396-2.7595	0.2031	312	0.1911	6202	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7595-2.9045	0.2125	340	0.1892	6184	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9045-3.0859	0.2002	321	0.1817	6224	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0859-3.3232	0.1961	341	0.1771	6255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3232-3.6557	0.1876	340	0.166	6259	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6557-4.1804	0.1678	359	0.1515	6303	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1804-5.2508	0.1585	348	0.1461	6379	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2508-19.8829	0.1912	382	0.1797	6666	X-RAY DIFFRACTION	100

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