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万見
- PDB-4ke4: Elucidation of the structure and reaction mechanism of Sorghum bi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ke4
タイトルElucidation of the structure and reaction mechanism of Sorghum bicolor hydroxycinnamoyltransferase and its structural relationship to other CoA-dependent transferases and synthases
要素Hydroxycinnamoyl-CoA:shikimate hydroxycinnamoyl transferase
キーワードTRANSFERASE / hydroxycinnamoyl transferase
機能・相同性: / Transferase family / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Sorghum bicolor (タカキビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.012 Å
データ登録者Walker, A.M. / Hayes, R.P. / Youn, B. / Vermerris, W. / Sattler, S.E. / Kang, C.
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2013
タイトル: Elucidation of the structure and reaction mechanism of sorghum hydroxycinnamoyltransferase and its structural relationship to other coenzyme a-dependent transferases and synthases.
著者: Walker, A.M. / Hayes, R.P. / Youn, B. / Vermerris, W. / Sattler, S.E. / Kang, C.
履歴
登録2013年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxycinnamoyl-CoA:shikimate hydroxycinnamoyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5595
ポリマ－48,8851
非ポリマー6754
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.947, 135.947, 64.039
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Hydroxycinnamoyl-CoA:shikimate hydroxycinnamoyl transferase / Protein Sb04g025760


分子量: 48884.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sorghum bicolor (タカキビ) / 遺伝子: Sb04g025760, SORBIDRAFT_04g025760 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5XXB7
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES monohydrate pH 6.0, 22% v/v PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月19日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 44714 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2→2.0835 Å / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.012→44.5 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0.2 / 位相誤差: 20.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2071 1954 4.45 %RANDOM
Rwork0.1825 ---
obs0.1836 43938 97.69 %-
all-43938 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.044 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5871 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.5871 Å2-0 Å2
3----3.1742 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.012→44.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3364 0 45 334 3743
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073496
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0124742
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1841289
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069508
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005627
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.012-2.08350.25681850.2174002X-RAY DIFFRACTION94
2.0835-2.16690.24151910.20584051X-RAY DIFFRACTION95
2.1669-2.26550.22091910.20324062X-RAY DIFFRACTION95
2.2655-2.38490.23251930.20084171X-RAY DIFFRACTION97
2.3849-2.53440.24911950.20234195X-RAY DIFFRACTION98
2.5344-2.730.21761910.19634221X-RAY DIFFRACTION99
2.73-3.00470.2521980.20194278X-RAY DIFFRACTION99
3.0047-3.43930.21412030.18634284X-RAY DIFFRACTION100
3.4393-4.33260.15491960.15684321X-RAY DIFFRACTION100
4.3326-44.50.17412110.15764399X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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