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- PDB-5fal: Crystal structure of PvHCT in complex with CoA and p-coumaroyl-sh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fal
タイトルCrystal structure of PvHCT in complex with CoA and p-coumaroyl-shikimate
要素Hydroxycinnamoyl-CoA shikimate/quinate hydroxycinnamoyltransferase 2
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Transferase family / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Chem-SKT / Hydroxycinnamoyl-CoA shikimate/quinate hydroxycinnamoyltransferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Panicum virgatum (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.861 Å
データ登録者Pereira, J.H. / Moriarty, N.W. / Eudes, A. / Yogiswara, S. / Wang, G. / Benites, V.T. / Baidoo, E.E.K. / Lee, T.S. / Keasling, J.D. / Loque, D. / Adams, P.D.
引用ジャーナル: Plant Cell.Physiol. / 年: 2016
タイトル: Exploiting the Substrate Promiscuity of Hydroxycinnamoyl-CoA:Shikimate Hydroxycinnamoyl Transferase to Reduce Lignin.
著者: Eudes, A. / Pereira, J.H. / Yogiswara, S. / Wang, G. / Teixeira Benites, V. / Baidoo, E.E. / Lee, T.S. / Adams, P.D. / Keasling, J.D. / Loque, D.
履歴
登録2015年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxycinnamoyl-CoA shikimate/quinate hydroxycinnamoyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1174
ポリマ－48,9371
非ポリマー1,1803
水7,494416
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area18480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.771, 63.521, 154.481
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hydroxycinnamoyl-CoA shikimate/quinate hydroxycinnamoyltransferase 2


分子量: 48936.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Panicum virgatum (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R9RYW2
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-SKT / (3~{R},4~{R},5~{R})-5-[(~{E})-3-(4-hydroxyphenyl)prop-2-enoyl]oxy-3,4-bis(oxidanyl)cyclohexene-1-carboxylic acid / p-クマロイル5-O-シキマ-ト


分子量: 320.294 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16O7
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 and 25% w/v PEG 3,350
PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 38682 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 7.9 % / Net I/σ(I): 14.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1839精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.861→49.061 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1886 2000 5.17 %
Rwork0.1477 --
obs0.1498 38682 95.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.861→49.061 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3356 0 77 416 3849
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113571
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2844882
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2821291
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052524
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007643
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8612-1.90770.24931300.21482377X-RAY DIFFRACTION88
1.9077-1.95930.25761330.20522453X-RAY DIFFRACTION93
1.9593-2.0170.24911360.18192487X-RAY DIFFRACTION92
2.017-2.08210.23471350.16562486X-RAY DIFFRACTION92
2.0821-2.15650.21681390.14992544X-RAY DIFFRACTION94
2.1565-2.24280.18561370.14792516X-RAY DIFFRACTION94
2.2428-2.34490.17031440.13842632X-RAY DIFFRACTION96
2.3449-2.46850.17331420.13872603X-RAY DIFFRACTION97
2.4685-2.62320.17521450.14812667X-RAY DIFFRACTION98
2.6232-2.82570.19381480.14662707X-RAY DIFFRACTION99
2.8257-3.110.20421470.15462712X-RAY DIFFRACTION99
3.11-3.55990.19731510.14622769X-RAY DIFFRACTION100
3.5599-4.48470.16711530.12012785X-RAY DIFFRACTION100
4.4847-49.07850.16231600.14972944X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.06370.7268-0.49653.6385-0.11621.97280.0132-0.0197-0.02610.123-0.0810.25910.1799-0.23250.03780.1398-0.00360.01990.2111-0.03770.1269-19.69866.288-7.8616
23.07040.0335-1.49383.72541.5271.3827-0.1670.3427-0.48440.0924-0.29490.51230.4853-0.67340.38060.3098-0.1130.03680.3744-0.06090.2594-25.3125-7.9265-16.139
30.9135-0.003-0.29670.92580.2661.64430.03030.01120.00170.0992-0.01220.0920.0174-0.1639-0.03350.104-0.0074-0.02470.1312-0.00350.1215-11.54225.6882-17.8892
40.60230.1785-0.17991.41450.61331.6592-0.01620.00010.00560.00770.00830.0120.0410.01480.01170.09760.0143-0.00970.11680.01110.1178-4.16132.2179-27.6244
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 99 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 100 through 127 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 128 through 255 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 256 through 446 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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