PDB-4ke2: Crystal structure of the hyperactive Type I antifreeze from winte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ke2

タイトル

Crystal structure of the hyperactive Type I antifreeze from winter flounder

要素

Type I hyperactive antifreeze protein

キーワード

ANTIFREEZE PROTEIN / dimeric alpha-helical bundle

機能・相同性

機能・相同性情報

ice binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudopleuronectes americanus (魚類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Sun, T. / Lin, F.-H. / Campbell, R.L. / Allingham, J.S. / Davies, P.L.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: An antifreeze protein folds with an interior network of more than 400 semi-clathrate waters.
著者: Sun, T. / Lin, F.H. / Campbell, R.L. / Allingham, J.S. / Davies, P.L.

履歴

登録	2013年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月24日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ke2.cif.gz	217.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ke2.ent.gz	178.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ke2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ke2_validation.pdf.gz	433.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ke2_full_validation.pdf.gz	434.5 KB	表示
XML形式データ	4ke2_validation.xml.gz	37.7 KB	表示
CIF形式データ	4ke2_validation.cif.gz	65.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/4ke2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/4ke2	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2r1a-2 2r1a-1 6t68-d 5wme-d 5tfk-d 5j1i-2 4i0k-1 6cv7-d 6bxu-2 5uz8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#120 - 2009年12月不凍タンパク質 (Antifreeze Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Type I hyperactive antifreeze protein

B: Type I hyperactive antifreeze protein

C: Type I hyperactive antifreeze protein

50.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Type I hyperactive antifreeze protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Type I hyperactive antifreeze protein

C: Type I hyperactive antifreeze protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.820, 48.140, 182.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.87, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-608- HOH
2	1	B-465- HOH

#1: タンパク質	Type I hyperactive antifreeze protein 分子量: 16825.670 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: deleted signal sequence 由来: (組換発現) Pseudopleuronectes americanus (魚類) プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1P0S1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1696 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.49 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 9.6 詳細: 0.2 M NaSCN, 12.5% PEG 3350, 100mM Arginine, pH 9.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9788
検出器	タイプ: ADSC Q270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月11日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: MIR / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 77118 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 21.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 11.64
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 1.225 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / % possible all: 98.6

-
位相決定

位相決定	手法: 多重同系置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
SHARP		位相決定
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データ削減
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 1.8→47.88 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU ML: 0.23 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	3872	5.02 %
R_work	0.196	-	-
obs	0.199	77118	99 %
all	-	77118	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3486 Å²	-1.3682 Å²	3.2968 Å²
2-	-	-1.531 Å²	0.7032 Å²
3-	-	-	-0.1541 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3528	0	0	1696	5224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3709
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.949	5156
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.034	1101
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	726
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	686

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8219	0.3931	163	0.3451	2468	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8219-1.845	0.3813	154	0.3166	2670	X-RAY DIFFRACTION	99
1.845-1.8693	0.339	134	0.2838	2503	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8693-1.8949	0.3161	117	0.2681	2604	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8949-1.922	0.3725	131	0.2687	2657	X-RAY DIFFRACTION	99
1.922-1.9506	0.2941	148	0.2363	2487	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9506-1.9811	0.2743	141	0.23	2607	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9811-2.0136	0.2786	124	0.2085	2608	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0136-2.0483	0.2354	121	0.1949	2581	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0483-2.0856	0.2303	139	0.1985	2623	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0856-2.1257	0.2759	124	0.1912	2587	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1257-2.1691	0.2337	145	0.1852	2621	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1691-2.2162	0.2286	147	0.1828	2574	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2162-2.2678	0.2486	152	0.1835	2577	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2678-2.3245	0.2746	144	0.1831	2618	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3245-2.3874	0.2771	120	0.1902	2588	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3874-2.4576	0.2597	135	0.1926	2620	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4576-2.5369	0.2596	135	0.1872	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5369-2.6276	0.2406	132	0.178	2579	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6276-2.7328	0.2275	132	0.1709	2620	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7328-2.8571	0.241	136	0.1675	2653	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8571-3.0077	0.2125	131	0.1662	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0077-3.1962	0.2088	146	0.1591	2614	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1962-3.4429	0.2025	146	0.1588	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4429-3.7892	0.2049	153	0.1718	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7892-4.3372	0.251	134	0.1858	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3372-5.4632	0.3094	142	0.2267	2650	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4632-47.9014	0.3159	132	0.2693	2710	X-RAY DIFFRACTION	97

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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