PDB-4kdu: Crystal structure of a glutathione transferase family member from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kdu

タイトル

Crystal structure of a glutathione transferase family member from Burkholderia graminis, target efi-507264, no gsh, ordered domains, space group P21, form(1)

要素

Glutathione S-transferase domain

キーワード

TRANSFERASE / GST / glutathione S-transferase fold / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia graminis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a glutathione transferase family member from Burkholderia graminis, target efi-507264, no gsh, ordered domains, space group P21, form(1)
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, ...

履歴

登録	2013年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kdu.cif.gz	253.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kdu.ent.gz	208.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kdu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4kdu_validation.pdf.gz	432.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kdu_full_validation.pdf.gz	433.6 KB	表示
XML形式データ	4kdu_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	4kdu_validation.cif.gz	32.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/4kdu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/4kdu	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4ke3-2 7k7v-d 4ke3-1 4m8h-d 5mmw-d 5mku-d 4m8e-d 4kdx-2 2p1t-d 6avs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-507264

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase domain

B: Glutathione S-transferase domain

52.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutathione S-transferase domain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutathione S-transferase domain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.603, 56.105, 67.216
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.780, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase domain 分子量: 26086.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia graminis (バクテリア) 株: C4D1M / 遺伝子: BgramDRAFT_2467 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1FZ96
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.52 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 5 mM GSH); Reservoir (1 M di-Ammonium Phosphate 0.1 M Sodium Acetate); Cryoprotection (reservoir + 20% glycerol), VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 5 mM GSH); Reservoir (1 M di-Ammonium Phosphate 0.1 M Sodium Acetate); Cryoprotection (reservoir + 20% glycerol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.52 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 5 mM GSH); Reservoir (1 M di-Ammonium Phosphate 0.1 M Sodium Acetate); Cryoprotection (reservoir + 20% glycerol), VAPOR DIFFUSION, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月17日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→64.004 Å / Num. all: 57253 / Num. obs: 57253 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.083 / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 7.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.6-1.69	2.7	0.261	2.9	22297	8315	0.261	93.5
1.69-1.79	2.7	0.213	3	21498	7931	0.213	94
1.79-1.91	2.8	0.16	3.2	20804	7545	0.16	95
1.91-2.07	2.8	0.131	3.3	19807	7042	0.131	95.1
2.07-2.26	2.9	0.112	4.2	18404	6448	0.112	94.8
2.26-2.53	2.9	0.094	6.7	16918	5846	0.094	94.5
2.53-2.92	2.9	0.088	7	14928	5097	0.088	93.1
2.92-3.58	3	0.063	9.5	12635	4240	0.063	92
3.58-5.06	3	0.047	12.8	9558	3189	0.047	88.4
5.06-24.196	3	0.044	14	4829	1600	0.044	79.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.6→24.196 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / FOM work R set: 0.8711 / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 20.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2004	2898	5.06 %	RANDOM
R_work	0.168	-	-	-
obs	0.1697	57229	93.12 %	-
all	-	57229	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.13 Å² / B_iso mean: 18.7817 Å² / B_iso min: 0.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→24.196 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3320	0	0	465	3785

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3408
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.327	4642
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	486
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	610
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.603	1238

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6262	0.2586	149	0.2031	2539	2688	94
1.6262-1.6543	0.2536	151	0.2018	2564	2715	92
1.6543-1.6843	0.2306	115	0.1891	2609	2724	94
1.6843-1.7167	0.2369	131	0.1846	2580	2711	94
1.7167-1.7518	0.2306	123	0.1798	2611	2734	94
1.7518-1.7898	0.2327	127	0.177	2603	2730	94
1.7898-1.8315	0.2359	129	0.1692	2635	2764	95
1.8315-1.8772	0.1816	132	0.1683	2632	2764	95
1.8772-1.928	0.243	143	0.2056	2601	2744	94
1.928-1.9847	0.2179	142	0.1758	2652	2794	96
1.9847-2.0487	0.194	147	0.1693	2640	2787	95
2.0487-2.1219	0.2207	139	0.1832	2609	2748	95
2.1219-2.2068	0.2079	134	0.1615	2648	2782	95
2.2068-2.3072	0.2024	128	0.1708	2608	2736	94
2.3072-2.4287	0.1934	129	0.1501	2645	2774	94
2.4287-2.5807	0.1849	158	0.1563	2578	2736	94
2.5807-2.7797	0.2035	145	0.1579	2609	2754	94
2.7797-3.0589	0.1987	142	0.1652	2549	2691	92
3.0589-3.5004	0.1787	157	0.1552	2569	2726	92
3.5004-4.4058	0.1692	150	0.1412	2488	2638	89
4.4058-24.1992	0.1916	127	0.1895	2362	2489	82

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9573	-0.184	-0.1738	1.2658	-0.0671	1.3577	0.0057	0.07	0.0372	-0.1173	-0.0634	-0.1622	-0.0664	0.1749	0.0193	0.0685	-0.0044	0.0135	0.0712	0.0093	0.0684	29.592	20.6283	14.6168
2	0.7295	0.4138	0.8896	1.2739	0.202	1.1686	0.0291	-0.0681	0.0515	0.1007	-0.0553	0.189	0.0853	-0.0913	-0.001	0.0605	0.0035	0.0077	0.0576	-0.0143	0.0649	12.1685	18.6732	23.568
3	1.6392	0.1871	-0.2855	1.0869	0.5317	1.5711	-0.0886	0.1321	-0.184	-0.4882	-0.0416	-0.2755	0.2398	0.5041	-0.0537	0.3184	0.04	-0.0145	0.1628	-0.0286	0.1401	16.5484	17.0914	-3.5633
4	1.43	-0.0355	-0.8143	1.3432	1.3065	3.7283	-0.0091	0.2141	0.0489	-0.3998	0.156	0.5265	0.3013	-0.4627	0.1346	0.2151	-0.0226	-0.1286	0.0943	0.0034	0.1476	4.1353	18.8414	3.7032
5	0.8568	-0.2601	0.1465	1.0294	0.1868	1.0599	-0.0277	0.0717	0.1614	-0.2044	-0.013	0.2498	-0.1162	-0.0868	0.0638	0.1061	0.0084	-0.0489	0.0697	0.0094	0.1154	10.6479	29.3651	10.7299
6	1.9812	-0.2015	0.5498	1.5563	-0.3151	1.0149	0.1179	-0.0841	-0.2129	-0.0395	-0.0254	0.1859	0.1712	-0.154	0.008	0.0927	-0.0104	-0.0258	0.0449	-0.0117	0.1128	6.5427	-1.6588	21.5499
7	1.4836	-0.319	1.8436	0.1625	-0.188	2.7076	0.2842	-0.168	-0.5147	-0.3368	0.0377	0.3363	0.3576	-0.4128	0.0071	0.2141	-0.06	-0.0814	0.2132	0.0222	0.2229	-2.453	-1.2271	18.6628
8	0.4067	0.201	0.6377	1.2061	0.1939	1.4384	0.0281	-0.1685	0.009	-0.1745	-0.0697	0.3451	-0.0388	-0.2647	0.0385	0.0526	-0.0188	-0.0213	0.1454	0.0005	0.1485	-0.7723	8.9839	18.7049
9	1.0503	0.0994	0.8366	0.8641	-0.1301	1.308	-0.021	-0.1037	-0.0237	0.0476	0.077	0.041	-0.0544	-0.1056	-0.0319	0.0684	0.0006	0.0053	0.0685	-0.002	0.0485	14.0485	7.1567	29.0812
10	0.8973	-0.2235	-0.4645	1.8475	0.8078	3.0222	0.04	-0.0173	0.0069	0.0864	-0.0101	-0.0957	0.1169	0.1712	0.0222	0.0849	0.0109	-0.008	0.0503	0.0085	0.0819	23.4182	9.0445	20.7422
11	1.5732	-0.2114	-0.3061	0.6475	-0.1336	1.986	0.1254	0.5044	0.0456	-0.2274	-0.0502	0.0462	-0.0685	-0.0548	-0.0014	0.1578	0.0736	-0.0067	0.1569	0.0052	0.0809	19.7478	-0.9388	3.546
12	0.908	0.2337	-0.2022	0.7262	-0.0726	0.8152	0.0315	0.0472	-0.1288	-0.07	-0.0418	-0.0051	0.2493	0.0898	0.0104	0.1086	0.0379	-0.0125	0.0388	-0.0021	0.0723	23.5454	-5.8136	16.5119
13	1.6726	0.1939	1.869	0.9129	0.1612	2.094	0.0516	0.0131	0.008	-0.122	-0.1333	0.15	0.2455	-0.0045	0.0461	0.1938	-0.0028	-0.0143	0.0828	-0.0156	0.0955	14.0583	-10.3942	20.8473

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 76 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 77 through 102 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 103 through 124 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 125 through 149 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 150 through 207 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 22 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 23 through 41 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 42 through 65 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 66 through 86 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 87 through 102 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 103 through 149 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 150 through 194 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 195 through 207 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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