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- PDB-4kdl: Crystal structure of p97/VCP N in complex with OTU1 UBXL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kdl
タイトルCrystal structure of p97/VCP N in complex with OTU1 UBXL
要素
  • Transitional endoplasmic reticulum ATPase
  • Ubiquitin thioesterase OTU1
キーワードSIGNALING PROTEIN/HYDROLASE / AAA ATPase / UBX-like domain / PROTEIN BINDING / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / beta-barrel / beta-grasp / SIGNALING PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of Lys63-specific deubiquitinase activity / flavin adenine dinucleotide catabolic process / positive regulation of oxidative phosphorylation / VCP-NSFL1C complex / cytoplasm protein quality control / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / endoplasmic reticulum stress-induced pre-emptive quality control / cellular response to arsenite ion / Derlin-1 retrotranslocation complex ...Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of Lys63-specific deubiquitinase activity / flavin adenine dinucleotide catabolic process / positive regulation of oxidative phosphorylation / VCP-NSFL1C complex / cytoplasm protein quality control / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / endoplasmic reticulum stress-induced pre-emptive quality control / cellular response to arsenite ion / Derlin-1 retrotranslocation complex / BAT3 complex binding / protein-DNA covalent cross-linking repair / positive regulation of protein K63-linked deubiquitination / deubiquitinase activator activity / mitotic spindle disassembly / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / ubiquitin-modified protein reader activity / regulation of protein localization to chromatin / aggresome assembly / NADH metabolic process / vesicle-fusing ATPase / cellular response to misfolded protein / stress granule disassembly / negative regulation of protein localization to chromatin / positive regulation of mitochondrial membrane potential / retrograde protein transport, ER to cytosol / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / regulation of aerobic respiration / regulation of synapse organization / positive regulation of ATP biosynthetic process / ATPase complex / ubiquitin-specific protease binding / MHC class I protein binding / ubiquitin-like protein ligase binding / RHOH GTPase cycle / polyubiquitin modification-dependent protein binding / autophagosome maturation / protein deubiquitination / HSF1 activation / negative regulation of hippo signaling / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / translesion synthesis / proteasomal protein catabolic process / Protein methylation / interstrand cross-link repair / ATP metabolic process / negative regulation of smoothened signaling pathway / endoplasmic reticulum unfolded protein response / ERAD pathway / Attachment and Entry / proteasome complex / viral genome replication / lipid droplet / Josephin domain DUBs / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / macroautophagy / Hh mutants are degraded by ERAD / Hedgehog ligand biogenesis / Defective CFTR causes cystic fibrosis / positive regulation of protein-containing complex assembly / ADP binding / Translesion Synthesis by POLH / establishment of protein localization / ABC-family proteins mediated transport / : / autophagy / Aggrephagy / cytoplasmic stress granule / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of protein catabolic process / azurophil granule lumen / KEAP1-NFE2L2 pathway / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Ovarian tumor domain proteases / double-strand break repair / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / site of double-strand break / Neddylation / cellular response to heat / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein phosphatase binding / secretory granule lumen / regulation of apoptotic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitinyl hydrolase 1 / ficolin-1-rich granule lumen / cysteine-type deubiquitinase activity / Attachment and Entry / protein ubiquitination / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / lipid binding / DNA damage response / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / OTU1, UBXL domain / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #10 / OTU-like cysteine protease / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / OTU domain / OTU domain profile. / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / AAA ATPase, CDC48 family ...: / OTU1, UBXL domain / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #10 / OTU-like cysteine protease / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / OTU domain / OTU domain profile. / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / AAA ATPase, CDC48 family / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / : / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Papain-like cysteine peptidase superfamily / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Ubiquitin-like (UB roll) / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Roll / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin thioesterase OTU1 / Transitional endoplasmic reticulum ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Kim, S.J. / Kim, E.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Ovarian Tumor Domain-containing Protein 1 (OTU1) Binding to p97/Valosin-containing Protein (VCP).
著者: Kim, S.J. / Cho, J. / Song, E.J. / Kim, S.J. / Kim, H.M. / Lee, K.E. / Suh, S.W. / Kim, E.E.
履歴
登録2013年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
B: Ubiquitin thioesterase OTU1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5002
ポリマ－31,5002
非ポリマー00
水4,882271
1
A: Transitional endoplasmic reticulum ATPase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8061
ポリマ－21,8061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ubiquitin thioesterase OTU1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6941
ポリマ－9,6941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area12440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.604, 60.803, 111.915
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transitional endoplasmic reticulum ATPase / TER ATPase / 15S Mg(2+)-ATPase p97 subunit / Valosin-containing protein / VCP


分子量: 21806.027 Da / 分子数: 1 / 断片: N domain (Residues 23-196) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VCP / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: P55072, vesicle-fusing ATPase
#2: タンパク質 Ubiquitin thioesterase OTU1 / OTU domain-containing protein 1


分子量: 9693.965 Da / 分子数: 1 / 断片: UBX-like domain (Residues 1-73) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: OTU1, YFL044C / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: P43558, ubiquitinyl hydrolase 1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 14% PEG 4000, 0.1 M Sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月20日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→50 Å / Num. obs: 27896 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 23.814
反射 シェル解像度: 1.81→1.87 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 8.75 / Rsym value: 0.252 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E32

1e32


解像度: 1.81→33.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 4.962 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2134 1394 5.1 %RANDOM
Rwork0.18241 ---
obs0.18399 26125 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.265 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→33.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1924 0 0 271 2195
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0221949
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1451.9922632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.055240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.02624.61591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.4315370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1311517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1730.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5131.51211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.66121980
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1593738
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.9944.5652
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.811→1.858 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 101 -
Rwork0.21 1790 -
obs--94.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51360.3343-0.07630.9886-0.10450.5916-0.02950.05980.0131-0.0203-0.03650.04910.0321-0.04930.0660.020.01080.00250.04-0.01180.039215.68827.4816-16.8695
20.66940.0146-0.63690.80650.62993.3755-0.2445-0.0345-0.00530.00560.02150.0540.16370.36050.2230.10910.01850.01620.05750.04210.037116.38942.5428.9839
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 196
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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