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- PDB-4kc5: Crystal structure of the C-terminal part of RhiE from Burkholderi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kc5
タイトルCrystal structure of the C-terminal part of RhiE from Burkholderia rhizoxinica
要素RhiE protein
キーワードTRANSFERASE / KS-Domain / DHF-domain / beta-branching unit of RhiE
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / RhiE branching domain / Alpha-Beta Plaits - #3290 / Polyketide synthase dehydratase / : / RhiE-like, KS-MAT linker domain / CurL-like, PKS C-terminal / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain ...: / RhiE branching domain / Alpha-Beta Plaits - #3290 / Polyketide synthase dehydratase / : / RhiE-like, KS-MAT linker domain / CurL-like, PKS C-terminal / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / PKS_PP_betabranch / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / : / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / Roll / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Burkholderia rhizoxinica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Zocher, G. / Heim, J.B. / Stehle, T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Vinylogous chain branching catalysed by a dedicated polyketide synthase module.
著者: Bretschneider, T. / Heim, J.B. / Heine, D. / Winkler, R. / Busch, B. / Kusebauch, B. / Stehle, T. / Zocher, G. / Hertweck, C.
履歴
登録2013年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RhiE protein
B: RhiE protein
C: RhiE protein
D: RhiE protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)409,7585
ポリマ－409,6654
非ポリマー921
水18,3031016
1
A: RhiE protein
B: RhiE protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,9253
ポリマ－204,8332
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6570 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area65860 Å2
手法PISA
2
C: RhiE protein
D: RhiE protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,8332
ポリマ－204,8332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6260 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area64610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.510, 144.130, 131.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
RhiE protein


分子量: 102416.367 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia rhizoxinica (バクテリア)
遺伝子: rhiE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1KQS1
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1016 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% (w/v) PEG 2000 MME, 100 mM Tris/HCl pH 8.5, 100 mM Trismethylamine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月22日
放射モノクロメーター: DCCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→50 Å / Num. all: 254914 / Num. obs: 252811 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.14→2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0027精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.14→48.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 10.783 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22716 7585 3 %RANDOM
Rwork0.18076 ---
obs0.18213 245224 99.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.381 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å20 Å2-3.02 Å2
2---1.69 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→48.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28171 0 6 1016 29193
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02228828
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0226903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.551.95639163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.807361789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4953628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.0324.1291332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.463154648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.56715170
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.24337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02133206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026752
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.195 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 550 -
Rwork0.269 17786 -
obs--97.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6680.1891-0.26080.764-0.16180.5554-0.029-0.0582-0.0484-0.06340.04540.1114-0.01220.0644-0.01630.0113-0.0130.00380.1010.01050.058540.261124.706850.2961
20.4258-0.0612-0.18170.88210.25920.96240.0190.03490.0034-0.27660.00950.4415-0.094-0.1297-0.02850.0955-0.0178-0.1580.11810.0580.343513.793645.80234.3266
30.920.3126-0.07620.820.01660.36880.0387-0.0875-0.05570.4738-0.0106-0.15360.0554-0.0065-0.02810.4142-0.008-0.07910.14680.00750.057478.165723.7517112.1955
40.5255-0.1049-0.24570.81250.13330.75680.00460.06180.05730.14560.03350.0544-0.0372-0.0645-0.03810.0648-0.02640.03260.15210.04060.048965.636344.728784.33
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3052 - 3965
2X-RAY DIFFRACTION2B3053 - 3965
3X-RAY DIFFRACTION3C3053 - 3964
4X-RAY DIFFRACTION4D3052 - 3965

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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