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万見
- PDB-4kby: mSTING/c-di-GMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kby
タイトルmSTING/c-di-GMP
要素Stimulator of interferon genes protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / mouse STING / c-di-GMP
機能・相同性
機能・相同性情報


STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / IRF3-mediated induction of type I IFN / STING complex / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / proton channel activity ...STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / IRF3-mediated induction of type I IFN / STING complex / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / proton channel activity / cGAS/STING signaling pathway / regulation of metabolic process / reticulophagy / cellular response to exogenous dsRNA / protein complex oligomerization / positive regulation of macroautophagy / autophagosome membrane / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interferon-beta / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / antiviral innate immune response / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / activation of innate immune response / autophagosome / positive regulation of interferon-beta production / peroxisome / regulation of gene expression / regulation of inflammatory response / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / ciliary basal body / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #5200 / Stimulator of interferon genes protein / : / STING transmembrane domain / : / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / STING ligand-binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #5200 / Stimulator of interferon genes protein / : / STING transmembrane domain / : / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / STING ligand-binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Chin, K.H. / Su, Y.C. / Tu, J.L. / Chou, S.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Novel c-di-GMP recognition modes of the mouse innate immune adaptor protein STING
著者: Chin, K.H. / Tu, Z.L. / Su, Y.C. / Yu, Y.J. / Chen, H.C. / Lo, Y.C. / Chen, C.P. / Barber, G.N. / Chuah, M.L. / Liang, Z.X. / Chou, S.H.
履歴
登録2013年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2013年5月29日ID: 4G4D
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon genes protein
B: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8723
ポリマ－47,1822
非ポリマー6901
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.058, 79.058, 49.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon genes protein / mSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / MMITA / ...mSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / MMITA / Transmembrane protein 173


分子量: 23590.846 Da / 分子数: 2 / 断片: c-di-GMP-binding domain (CBD), UNP residues 138-344 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tmem173, Eris Mita, Mpys, Sting / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3TBT3
#2: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Tris ph 8.0, PEG 4000 25%, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.99808 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月23日
放射モノクロメーター: se SAD / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99808 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→30 Å / Num. obs: 13662 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル最高解像度: 2.36 Å / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.36→28.191 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.77 / FOM work R set: 0.7883 / SU ML: 0.38 / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 28.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2649 1375 10.06 %
Rwork0.1808 --
all0.19 --
obs0.1895 13662 95.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.92 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 155.71 Å2 / Biso mean: 48.4658 Å2 / Biso min: 19.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0791 Å20 Å2-0 Å2
2--2.0791 Å2-0 Å2
3----4.1583 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→28.191 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2829 0 46 95 2970
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082939
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2533992
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7441114
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076433
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005526
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3604-2.44470.34951360.2299116590
2.4447-2.54250.32011230.2083116291
2.5425-2.65820.31841320.1936121294
2.6582-2.79820.28631370.2147121395
2.7982-2.97330.29151360.1867123696
2.9733-3.20260.25111400.1837124097
3.2026-3.52430.24861470.1705127799
3.5243-4.0330.25411330.167126698
4.033-5.07640.22831440.15125699
5.0764-28.19320.27031470.1981126098
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.3212 Å / Origin y: -19.1302 Å / Origin z: -7.2102 Å
111213212223313233
T0.2461 Å20.0061 Å2-0.0329 Å2-0.2354 Å2-0.0181 Å2--0.2064 Å2
L1.7522 °20.5966 °2-0.6524 °2-0.8976 °2-0.3655 °2--1.1055 °2
S0.0116 Å °-0.0564 Å °-0.0842 Å °-0.0458 Å °0.0146 Å °-0.0466 Å °0.1318 Å °0.1003 Å °-0.0282 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA153 - 336
2X-RAY DIFFRACTION1allB153 - 336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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