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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kbk | ||||||
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タイトル | CK1d in complex with (3S)-3-{4-[3-(4-fluorophenyl)-1-methyl-1H-pyrazol-4-yl]pyridin-2-yl}morpholine inhibitor | ||||||
要素 | Casein kinase I isoform delta | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / ser/thr kinase / inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / protein localization to Golgi apparatus / COPII vesicle coating / midbrain dopaminergic neuron differentiation / microtubule nucleation / tau-protein kinase / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium / protein localization to centrosome / COPII-mediated vesicle transport ...positive regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / protein localization to Golgi apparatus / COPII vesicle coating / midbrain dopaminergic neuron differentiation / microtubule nucleation / tau-protein kinase / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium / protein localization to centrosome / COPII-mediated vesicle transport / tau-protein kinase activity / Golgi organization / spindle assembly / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / AURKA Activation by TPX2 / ciliary basal body / cellular response to nerve growth factor stimulus / spindle microtubule / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / Wnt signaling pathway / spindle / endocytosis / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Circadian Clock / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cadherin binding / positive regulation of protein phosphorylation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013 タイトル: Ligand-protein interactions of selective casein kinase 1 delta inhibitors. 著者: Mente, S. / Arnold, E. / Butler, T. / Chakrapani, S. / Chandrasekaran, R. / Cherry, K. / Dirico, K. / Doran, A. / Fisher, K. / Galatsis, P. / Green, M. / Hayward, M. / Humphrey, J. / Knafels, ...著者: Mente, S. / Arnold, E. / Butler, T. / Chakrapani, S. / Chandrasekaran, R. / Cherry, K. / Dirico, K. / Doran, A. / Fisher, K. / Galatsis, P. / Green, M. / Hayward, M. / Humphrey, J. / Knafels, J. / Li, J. / Liu, S. / Marconi, M. / McDonald, S. / Ohren, J. / Paradis, V. / Sneed, B. / Walton, K. / Wager, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kbk.cif.gz | 489.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4kbk.ent.gz | 404 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kbk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4kbk_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4kbk_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4kbk_validation.xml.gz | 48.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4kbk_validation.cif.gz | 68 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/4kbk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/4kbk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38537.223 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK1D, HCKID / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P48730, non-specific serine/threonine protein kinase, tau-protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-1QG / ( #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.66 % |
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 72924 / Num. obs: 72584 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.38 % / Biso Wilson estimate: 31.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 12.14 |
-解析
ソフトウェア | 名称: BUSTER / バージョン: 2.11.5 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→17.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9387 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9147 / SU R Cruickshank DPI: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 39.37 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.271 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→17.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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