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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4k9s | ||||||
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タイトル | Peptidoglycan O-acetylesterase in action, setmet | ||||||
要素 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Alpha/Beta Fold / Peptidoglycan hydrolase | ||||||
機能・相同性 | Jelly Rolls - #1360 / SGNH hydrolase / Jelly Rolls / サンドイッチ / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.334 Å | ||||||
データ登録者 | Williams, A.H. / Gompert Boneca, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014 タイトル: Visualization of a substrate-induced productive conformation of the catalytic triad of the Neisseria meningitidis peptidoglycan O-acetylesterase reveals mechanistic conservation in SGNH ...タイトル: Visualization of a substrate-induced productive conformation of the catalytic triad of the Neisseria meningitidis peptidoglycan O-acetylesterase reveals mechanistic conservation in SGNH esterase family members. 著者: Williams, A.H. / Veyrier, F.J. / Bonis, M. / Michaud, Y. / Raynal, B. / Taha, M.K. / White, S.W. / Haouz, A. / Boneca, I.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4k9s.cif.gz | 147.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4k9s.ent.gz | 123.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4k9s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/4k9s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/4k9s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41306.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 株: MC58 / 遺伝子: Neisseria meningitidis, NM4119_1198 / プラスミド: PGEX 4TI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: L5SU74 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM Hepes pH 7.5 10-40% Peg 10000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.334→40.41 Å / Num. obs: 2673 / % possible obs: 88.48 % / Observed criterion σ(F): 2.51 / Observed criterion σ(I): 2.51 |
反射 シェル | 解像度: 2.334→2.417 Å / % possible all: 98.13 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.334→40.41 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 24.5 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.334→40.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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