PDB-4k3u: Peptidoglycan O-acetylesterase in action, 30 min

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k3u

タイトル

Peptidoglycan O-acetylesterase in action, 30 min

要素

GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family protein

キーワード

HYDROLASE / alpha/Beta fold / peptidoglycan hydrolase

機能・相同性

Jelly Rolls - #1360 / SGNH hydrolase / Jelly Rolls / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.158 Å

データ登録者

Williams, A.H. / Gomperts Boneca, I.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Visualization of a substrate-induced productive conformation of the catalytic triad of the Neisseria meningitidis peptidoglycan O-acetylesterase reveals mechanistic conservation in SGNH ...
著者: Williams, A.H. / Veyrier, F.J. / Bonis, M. / Michaud, Y. / Raynal, B. / Taha, M.K. / White, S.W. / Haouz, A. / Boneca, I.G.

履歴

登録	2013年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月22日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4k3u.cif.gz	154.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4k3u.ent.gz	119.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4k3u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4k3u_validation.pdf.gz	448 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4k3u_full_validation.pdf.gz	452.5 KB	表示
XML形式データ	4k3u_validation.xml.gz	35.2 KB	表示
CIF形式データ	4k3u_validation.cif.gz	48.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/4k3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/4k3u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4k40C 4k7jC 4k9sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4k7j-2 4k9s-1 4k9s-2 4k40-1 4k7j-1 4k40-2 5b3v-3 3ctb-2 5v2l-d 2glx-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family protein

B: GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family protein

ヘテロ分子

82.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.120, 80.015, 122.113
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family protein 分子量: 40790.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 株: MC58 / 遺伝子: Neisseria Meningitidis, NM4119_1198 / プラスミド: pGEX-4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: L5SU74
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.42 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM Hepes pH 7.5 10-40% Peg 10,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.158→48.54 Å / Num. obs: 3637 / % possible obs: 99.82 % / Observed criterion σ(F): 2.61 / Observed criterion σ(I): 2.61 / B_iso Wilson estimate: 29.56 Å² / Net I/σ(I): 9.91
反射シェル	解像度: 2.158→2.235 Å / Mean I/σ(I) obs: 9.91 / % possible all: 98.24

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.158→48.539 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2238	3748	9.97 %
R_work	0.1595	-	-
obs	0.166	-	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.158→48.539 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5295	0	45	429	5769

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5483
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.057	7442
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.703	1975
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	807
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	968

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1581-2.1854	0.3404	132	0.2244	1194	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1854-2.2142	0.317	143	0.2101	1229	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2142-2.2445	0.2772	135	0.1817	1223	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2445-2.2766	0.2233	131	0.1793	1243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2766-2.3105	0.2684	150	0.1678	1226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3105-2.3466	0.2251	150	0.1835	1240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3466-2.3851	0.3009	159	0.1714	1183	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3851-2.4262	0.2858	138	0.1791	1277	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4262-2.4704	0.2654	137	0.1752	1225	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4704-2.5179	0.2509	117	0.1813	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5179-2.5693	0.2437	129	0.1588	1258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5693-2.6251	0.2546	136	0.1596	1227	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6251-2.6862	0.2429	132	0.171	1255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6862-2.7533	0.2278	138	0.1695	1253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7533-2.8278	0.2593	137	0.1666	1240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8278-2.911	0.2643	134	0.1772	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.911-3.0049	0.2249	140	0.1822	1244	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0049-3.1123	0.2351	128	0.1752	1268	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1123-3.2369	0.2539	135	0.1782	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2369-3.3842	0.2254	137	0.1677	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3842-3.5626	0.2137	149	0.1654	1264	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5626-3.7857	0.1926	142	0.1477	1252	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7857-4.0778	0.1947	153	0.1377	1263	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0778-4.4879	0.1721	143	0.1298	1279	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4879-5.1367	0.1687	135	0.1272	1287	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1367-6.4693	0.2209	145	0.1479	1317	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4693-48.5514	0.2016	143	0.1469	1382	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)