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- PDB-4k9q: The Crystal Structure of Benzoylformate Decarboxylase from Polynu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k9q
タイトルThe Crystal Structure of Benzoylformate Decarboxylase from Polynucleobacter necessarius
要素Benzoylformate Decarboxylase
キーワードLYASE / thiamine diphosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


acetolactate synthase activity / carboxylic acid metabolic process / thiamine pyrophosphate binding / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Thiamine pyrophosphate enzyme / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold ...Thiamine pyrophosphate enzyme / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIAMINE DIPHOSPHATE / Thiamine pyrophosphate enzyme TPP binding domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Polynucleobacter necessarius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.598 Å
データ登録者Brodkin, H.R. / Novak, W.R.P. / McLeish, M.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of Benzoylformate Decarboxylase from Polynucleobacter necessarius
著者: Brodkin, H.R. / Andrews, F.H. / Novak, W.R.P. / Petsko, G.A. / Ringe, D. / McLeish, M.J.
履歴
登録2013年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Benzoylformate Decarboxylase
B: Benzoylformate Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,7916
ポリマ－118,8912
非ポリマー8994
水20,0151111
1
A: Benzoylformate Decarboxylase
B: Benzoylformate Decarboxylase
ヘテロ分子

A: Benzoylformate Decarboxylase
B: Benzoylformate Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,58112
ポリマ－237,7834
非ポリマー1,7988
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area26670 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area63030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.737, 104.953, 158.731
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-701-

HOH

21A-754-

HOH

31A-845-

HOH

41A-964-

HOH

51A-1241-

HOH

61B-701-

HOH

71B-762-

HOH

81B-810-

HOH

91B-845-

HOH

101B-910-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Benzoylformate Decarboxylase / Thiamine pyrophosphate enzyme TPP binding domain protein


分子量: 59445.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Polynucleobacter necessarius (バクテリア)
遺伝子: Pnuc_1088 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: A4SXU0, benzoylformate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 100 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月4日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.598→49.824 Å / Num. all: 142657 / Num. obs: 133506 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.598→1.66 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.813 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 67.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BlueIce-Epicsデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BFD

1bfd


解像度: 1.598→49.824 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1886 1863 1.4 %
Rwork0.1623 --
obs0.1626 133506 88.97 %
all-142657 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.239 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4335 Å20 Å2-0 Å2
2--5.8722 Å2-0 Å2
3----4.4388 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.598→49.824 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8212 0 54 1111 9377
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068547
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12811686
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7023214
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751333
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051522
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.598-1.64140.2552750.31885693X-RAY DIFFRACTION51
1.6414-1.68970.35921070.29077510X-RAY DIFFRACTION67
1.6897-1.74420.27831190.24488767X-RAY DIFFRACTION78
1.7442-1.80650.25271400.20419794X-RAY DIFFRACTION87
1.8065-1.87890.22711490.178110360X-RAY DIFFRACTION92
1.8789-1.96440.19571530.169610625X-RAY DIFFRACTION94
1.9644-2.0680.21161550.165410912X-RAY DIFFRACTION96
2.068-2.19750.17631550.160611052X-RAY DIFFRACTION97
2.1975-2.36720.19031600.151411146X-RAY DIFFRACTION98
2.3672-2.60540.2011590.159511268X-RAY DIFFRACTION99
2.6054-2.98240.20311620.167811348X-RAY DIFFRACTION99
2.9824-3.75730.15391630.142611430X-RAY DIFFRACTION99
3.7573-49.84850.14321660.130611738X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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