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万見
- PDB-4k9f: Neutron structure of Perdeuterated Rubredoxin refined against 1.7... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k9f
タイトルNeutron structure of Perdeuterated Rubredoxin refined against 1.75 resolution data collected on the new IMAGINE instrument at HFIR, ORNL
要素Rubredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / IRON / METAL-BINDING / TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane catabolic process / electron transfer activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 ...Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / : / Rubredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Munshi, P. / Meilleur, F. / Myles, D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: The IMAGINE instrument: first neutron protein structure and new capabilities for neutron macromolecular crystallography.
著者: Meilleur, F. / Munshi, P. / Robertson, L. / Stoica, A.D. / Crow, L. / Kovalevsky, A. / Koritsanszky, T. / Chakoumakos, B.C. / Blessing, R. / Myles, D.A.
履歴
登録2013年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation
Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0882
ポリマ－6,0321
非ポリマー561
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.822, 34.803, 43.351
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Rubredoxin / Rd


分子量: 6031.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF1282, rub / プラスミド: PET24D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P24297
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20 mg/ml rubredoxin in 1.9 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE sitting drop equilibrated against 3.8 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / タイプ: OTHER / 波長: 2.78 - 4.0
検出器タイプ: QLD: IMAGINE CG4D HFIR / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年1月1日
放射モノクロメーター: HFIR Source / プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: neutron
放射波長
ID波長 (Å)相対比
12.781
241
反射解像度: 1.75→27.14 Å / Num. all: 4095 / Num. obs: 4095 / % possible obs: 76.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 410 / % possible all: 54.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Quasi-LaueDiffractometer v4.06データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
LAUEGENデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KYW

3kyw


解像度: 1.75→27.139 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.63 / σ(I): 2 / 位相誤差: 21.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2412 424 10.35 %random
Rwork0.1985 ---
obs0.2029 4095 74.37 %-
all-4095 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→27.139 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数412 0 1 58 471
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.013888
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d0.9941497
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.98217
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07957
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.005133
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7501-2.00330.27561150.2335950NEUTRON DIFFRACTION59
2.0033-2.52360.25271340.19731215NEUTRON DIFFRACTION74
2.5236-27.14250.22011750.18551506NEUTRON DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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