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Yorodumi- PDB-4k9d: X-ray crystal structure of a Glyceraldehyde 3-phosphate dehydroge... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4k9d | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | X-ray crystal structure of a Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase from Brugia malayi bound to the co-factor NAD | ||||||
Components | Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationglyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Brugia malayi (agent of lymphatic filariasis) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHEDTitle: X-ray crystal structure of a Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase from Brugia malayi bound to the co-factor NAD Authors: Fairman, J.W. / Fox, D. / Lukacs, C.M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4k9d.cif.gz | 1000.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4k9d.ent.gz | 834.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4k9d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4k9d_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4k9d_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | |
| Data in XML | 4k9d_validation.xml.gz | 101.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 4k9d_validation.cif.gz | 140.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/4k9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/4k9d | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 1j0xS S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Details | AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN |
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Components
| #1: Protein | Mass: 37275.344 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Brugia malayi (agent of lymphatic filariasis)Gene: Bm1_41940 / Production host: ![]() References: UniProt: A8Q3K8, UniProt: P48812*PLUS, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) #2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 48.93 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: MCSG1 A7: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL7-1 / Wavelength: 1.13 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 17, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.13 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 163886 / Num. obs: 159461 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 36.572 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.64 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 1J0X Resolution: 2.1→19.868 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / FOM work R set: 0.8453 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.36 / Phase error: 23.3 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 116.54 Å2 / Biso mean: 39.6733 Å2 / Biso min: 9.57 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→19.868 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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