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- PDB-4k8d: Crystal structure of the C558(464)A/C559(465)A double mutant of T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k8d
タイトルCrystal structure of the C558(464)A/C559(465)A double mutant of Tn501 MerA in complex with NADPH and Hg2+
要素Mercuric reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / mercuric ion reductase / flavoenzyme / mercuric ion complex / NADPH complex / ternary complex / reduced form
機能・相同性
機能・相同性情報


mercury(II) reductase / mercury (II) reductase (NADP+) activity / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, NAD(P) as acceptor / detoxification of mercury ion / mercury ion binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Mercury(II) reductase / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site ...Mercury(II) reductase / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-NDP / Mercuric reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Dong, A. / Falkowski, M. / Malone, M. / Miller, S.M. / Pai, E.F.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the C136(42)A/C141(47)A double mutant of Tn501 MerA in complex with NADPH and Hg2+
著者: Dong, A. / Falkowski, M. / Malone, M. / Miller, S.M. / Pai, E.F.
履歴
登録2013年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mercuric reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,97724
ポリマ－49,1621
非ポリマー1,81523
水7,026390
1
A: Mercuric reductase
ヘテロ分子

A: Mercuric reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,95448
ポリマ－98,3232
非ポリマー3,63046
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area14680 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area33270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.922, 86.922, 137.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-506-

UNX

21A-669-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Mercuric reductase / Hg(II) reductase


分子量: 49161.688 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 96-561 / 変異: C136A, C141A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: merA / プラスミド: pET3d:cmerA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P00392, mercury(II) reductase

-
非ポリマー , 6種, 413分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#6: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 18 / 由来タイプ: 合成
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.27 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.4
詳細: 2.0M AMMONIA Sulfate, 0.1M Tris, pH 9.4, vapor diffusion hanging drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→60 Å / Num. obs: 45046 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 32.8
反射 シェル解像度: 1.86→1.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.561 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
GLRF位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GRS

3grs


解像度: 1.86→28.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 2.347 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20342 923 2.1 %RANDOM
Rwork0.16742 ---
obs0.16815 44048 99.9 %-
all-45046 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.449 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20 Å20 Å2
2--0.86 Å2-0 Å2
3----1.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→28.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3400 0 135 390 3925
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193633
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023456
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4151.9994984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74937919
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6465483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.19524.056143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.87615548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6241527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02791
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.422.551881
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4172.5481880
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.313.8182354
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7662.7221752
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.858→1.906 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 62 -
Rwork0.215 3195 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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