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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4k75 | ||||||
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タイトル | CFTR Associated Ligand (CAL) PDZ domain bound to peptide iCAL36-QDTRL (ANSRWQDTRL) | ||||||
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![]() | PEPTIDE BINDING PROTEIN/PROTEIN BINDING / PDZ domain / CAL / PIST / FIG / PDZ-peptide complex / CFTR Associated Ligand / CFTR / PEPTIDE BINDING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of anion channel activity / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi-associated vesicle membrane / Golgi to plasma membrane transport / apical protein localization / molecular sequestering activity / trans-Golgi network transport vesicle / RHOQ GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport ...negative regulation of anion channel activity / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi-associated vesicle membrane / Golgi to plasma membrane transport / apical protein localization / molecular sequestering activity / trans-Golgi network transport vesicle / RHOQ GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein transport / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / Golgi membrane / lysosomal membrane / dendrite / Golgi apparatus / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Amacher, J.F. / Madden, D.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Stereochemical Preferences Modulate Affinity and Selectivity among Five PDZ Domains that Bind CFTR: Comparative Structural and Sequence Analyses. 著者: Amacher, J.F. / Cushing, P.R. / Brooks, L. / Boisguerin, P. / Madden, D.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4joeC ![]() 4jofC ![]() 4jogC ![]() 4johC ![]() 4jojC ![]() 4jokC ![]() 4jopC ![]() 4jorC ![]() 4k6yC ![]() 4k72C ![]() 4k76C ![]() 4k78C ![]() 4e34S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9433.784 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1248.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.81 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 40% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 1000, 0.09 M sodium thiosulfate pentahydrate, 0.1 M tris(hydroxymethyl)aminomethane (Tris), pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月27日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: S1 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→19.739 Å / Num. all: 18205 / Num. obs: 18181 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 6.32 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 49.46 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4E34 (CAL PDZ bound to iCAL36 peptide) 解像度: 1.5→19.739 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: Omit map / σ(F): 2 / σ(I): 6.32 / 位相誤差: 18.02 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.27 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.609 Å2 / ksol: 0.46 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.739 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 10.7679 Å / Origin y: 23.2444 Å / Origin z: 36.6929 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: CHAIN A AND RESID 284:370 |