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- PDB-4k70: Crystal Structure of N-terminal half of Pseudorabiesvirus UL37 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k70
タイトルCrystal Structure of N-terminal half of Pseudorabiesvirus UL37 protein
要素UL37
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性Herpesvirus UL37 / Herpesvirus UL37 tegument protein / virion assembly / metal ion binding / NICKEL (II) ION / UL37
機能・相同性情報
生物種Suid herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pitts, J.D. / Heldwein, E.E.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of the Herpesvirus Inner Tegument Protein UL37 Supports Its Essential Role in Control of Viral Trafficking.
著者: Pitts, J.D. / Klabis, J. / Richards, A.L. / Smith, G.A. / Heldwein, E.E.
履歴
登録2013年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月7日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UL37
B: UL37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,28837
ポリマ－107,1452
非ポリマー1,14335
水10,737596
1
A: UL37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,18620
ポリマ－53,5721
非ポリマー61319
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UL37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,10317
ポリマ－53,5721
非ポリマー53016
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.670, 156.589, 67.381
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 UL37 / UL37 protein


分子量: 53572.406 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-496 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Suid herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
株: Becker / 遺伝子: ul37 / プラスミド: pJP23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q911W0

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非ポリマー , 6種, 631分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 24% PEG 1000, 0.3M calcium acetate, 0.1M Imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月18日
放射モノクロメーター: Synchrotron Radiation / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.975→50 Å / Num. all: 72015 / Num. obs: 64382 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 17.63
反射 シェル解像度: 1.975→2.03 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 53.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXAUTOSOLモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXAUTOSOL位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→43.117 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2203 2347 3.65 %
Rwork0.1729 --
obs0.1747 64342 89.37 %
all-73257 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→43.117 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7304 0 45 596 7945
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077502
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93910248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6042694
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061184
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051364
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.04080.3415740.22131856X-RAY DIFFRACTION46
2.0408-2.08520.2986960.21392282X-RAY DIFFRACTION56
2.0852-2.13370.26581000.22757X-RAY DIFFRACTION68
2.1337-2.18710.24791260.19573358X-RAY DIFFRACTION82
2.1871-2.24620.25021500.19473652X-RAY DIFFRACTION90
2.2462-2.31230.25161370.18233792X-RAY DIFFRACTION94
2.3123-2.38690.25251610.1813983X-RAY DIFFRACTION97
2.3869-2.47220.2421510.1774017X-RAY DIFFRACTION98
2.4722-2.57120.25621450.17873988X-RAY DIFFRACTION98
2.5712-2.68820.24461470.17584014X-RAY DIFFRACTION98
2.6882-2.82990.22111510.18624014X-RAY DIFFRACTION99
2.8299-3.00720.2131480.18724021X-RAY DIFFRACTION99
3.0072-3.23930.2361530.18814064X-RAY DIFFRACTION99
3.2393-3.56510.21461470.17483929X-RAY DIFFRACTION96
3.5651-4.08070.22321550.15114054X-RAY DIFFRACTION99
4.0807-5.13990.17161520.14564093X-RAY DIFFRACTION100
5.1399-43.12730.18581540.16714121X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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