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万見
- PDB-4k6z: The Jak1 kinase domain in complex with compound 37 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k6z
タイトルThe Jak1 kinase domain in complex with compound 37
要素Tyrosine-protein kinase JAK1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to cell-cell junction / interleukin-11-mediated signaling pathway / CCR5 chemokine receptor binding / type III interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / T-helper 17 cell lineage commitment / interleukin-7-mediated signaling pathway / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway ...protein localization to cell-cell junction / interleukin-11-mediated signaling pathway / CCR5 chemokine receptor binding / type III interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / T-helper 17 cell lineage commitment / interleukin-7-mediated signaling pathway / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-10-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / interleukin-2-mediated signaling pathway / interleukin-15-mediated signaling pathway / Interleukin-15 signaling / Interleukin-12 signaling / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-2 signaling / growth hormone receptor binding / Other interleukin signaling / Interleukin-20 family signaling / IFNG signaling activates MAPKs / type I interferon-mediated signaling pathway / Interleukin-6 signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of sprouting angiogenesis / MAPK3 (ERK1) activation / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / Interleukin-10 signaling / MAPK1 (ERK2) activation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Regulation of IFNA/IFNB signaling / type II interferon-mediated signaling pathway / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin receptor SHC signaling / Regulation of IFNG signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Interleukin-7 signaling / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cellular response to virus / Evasion by RSV of host interferon responses / cytokine-mediated signaling pathway / ISG15 antiviral mechanism / positive regulation of protein localization to nucleus / cytoplasmic side of plasma membrane / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protein phosphatase binding / Potential therapeutics for SARS / cell differentiation / cytoskeleton / intracellular signal transduction / endosome / protein phosphorylation / response to antibiotic / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak1 / SH2 domain / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak1 / SH2 domain / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1Q3 / Tyrosine-protein kinase JAK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Fong, R. / Lupardus, P.J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Design and evaluation of novel 8-oxo-pyridopyrimidine Jak1/2 inhibitors.
著者: Labadie, S. / Barrett, K. / Blair, W.S. / Chang, C. / Deshmukh, G. / Eigenbrot, C. / Gibbons, P. / Johnson, A. / Kenny, J.R. / Kohli, P.B. / Liimatta, M. / Lupardus, P.J. / Shia, S. / ...著者: Labadie, S. / Barrett, K. / Blair, W.S. / Chang, C. / Deshmukh, G. / Eigenbrot, C. / Gibbons, P. / Johnson, A. / Kenny, J.R. / Kohli, P.B. / Liimatta, M. / Lupardus, P.J. / Shia, S. / Steffek, M. / Ubhayakar, S. / Abbema, A.V. / Zak, M.
履歴
登録2013年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase JAK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0682
ポリマ－34,7471
非ポリマー3211
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.574, 42.701, 44.301
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase JAK1 / Janus kinase 1 / JAK-1


分子量: 34746.594 Da / 分子数: 1 / 断片: Jak1 kinase domain, UNP residues 854-1154 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAK1, JAK1A, JAK1B
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P23458, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-1Q3 / (1R,2S)-2-{[8-oxo-2-(1H-pyrazol-4-yl)-5,8-dihydropyrido[3,4-d]pyrimidin-4-yl]amino}cyclopentanecarbonitrile


分子量: 321.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N7O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M MES pH 5-6 and 25-35% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→84.29 Å / Num. obs: 8938 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 55.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095
反射 シェル解像度: 2.73→2.88 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 1258 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.73→42.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8228 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2971 884 9.93 %RANDOM
Rwork0.2381 ---
obs0.2438 8906 98.24 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.6521 Å20 Å20 Å2
2--2.8031 Å20 Å2
3----10.4552 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.427 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.73→42.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2291 0 24 28 2343
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012368HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.193194HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d844SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes60HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes352HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2368HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.97
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion292SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2739SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.73→3.05 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4007 246 10.11 %
Rwork0.3088 2187 -
all0.318 2433 -
obs--98.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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