PDB-4k6j: Human cohesin inhibitor WapL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k6j

タイトル

Human cohesin inhibitor WapL

要素

Wings apart-like protein homolog

キーワード

CELL CYCLE / heat repeats / cohesin regulator / Cell Adhesion Inhibitor / nuclear protein / protein-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP-dependent protein-DNA unloader activity / negative regulation of chromatin binding / negative regulation of sister chromatid cohesion / Cohesin Loading onto Chromatin / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / intercellular bridge / negative regulation of DNA replication / mitotic sister chromatid segregation / chromosome, centromeric region / protein localization to chromatin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6205 Å

データ登録者

Tomchick, D.R. / Yu, H. / Ouyang, Z.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structure of the human cohesin inhibitor Wapl.
著者: Ouyang, Z. / Zheng, G. / Song, J. / Borek, D.M. / Otwinowski, Z. / Brautigam, C.A. / Tomchick, D.R. / Rankin, S. / Yu, H.

履歴

登録	2013年4月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.2	2013年7月24日	Group: Database references
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4k6j.cif.gz	553.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4k6j.ent.gz	466.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4k6j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4k6j_validation.pdf.gz	472.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4k6j_full_validation.pdf.gz	481.3 KB	表示
XML形式データ	4k6j_validation.xml.gz	34 KB	表示
CIF形式データ	4k6j_validation.cif.gz	46.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/4k6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/4k6j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5mhc-1 2pi7-d 3qyq-1 1qs8-3 3u92-d 6xxc-1 6jmv-d 4ksf-d 7aew-1 3qrv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Wings apart-like protein homolog

B: Wings apart-like protein homolog

ヘテロ分子

129 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Wings apart-like protein homolog

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering, equilibrium centrifugation
64.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Wings apart-like protein homolog

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering, equilibrium centrifugation
64.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.540, 107.540, 300.608
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

詳細

Authors indicate that size exclusion chromatography, multi-angle light scattering, analytical ultracentrifugation indicate that WapL is monomeric in solution.

#1: タンパク質	Wings apart-like protein homolog / Friend of EBNA2 protein 分子量: 63977.539 Da / 分子数: 2 / 断片: Wapl C-terminal domain (UNP Residues 631-1190) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WAPAL, FOE, KIAA0261, WAPL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7Z5K2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.1, 10% glycerol, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-ID	1	0.979183
シンクロトロン	APS	19-ID	2	0.97921

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2012年3月15日	monochromator
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2012年3月15日	monochromator

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SAGITALLY FOCUSED Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1
2	SAGITALLY FOCUSED Si(111)	SAD	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979183	1
2	0.97921	1

反射

解像度: 2.62→50 Å / Num. all: 53851 / Num. obs: 53851 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 34.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / Χ²: 0.969 / Net I/σ(I): 11.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.62-2.67	4.8	0.558	2608	0.956	1,2	99.8
2.67-2.71	4.8	0.495	2643	0.949	1,2	100
2.71-2.77	4.9	0.391	2660	0.93	1,2	100
2.77-2.82	4.9	0.363	2659	0.945	1,2	100
2.82-2.88	4.9	0.299	2636	0.97	1,2	100
2.88-2.95	4.9	0.229	2661	0.947	1,2	100
2.95-3.02	4.9	0.193	2650	0.968	1,2	99.9
3.02-3.11	4.9	0.16	2685	0.95	1,2	100
3.11-3.2	4.9	0.135	2661	0.963	1,2	100
3.2-3.3	4.9	0.104	2683	0.937	1,2	100
3.3-3.42	4.9	0.083	2655	0.965	1,2	99.9
3.42-3.56	4.9	0.062	2702	0.952	1,2	99.9
3.56-3.72	4.9	0.047	2697	0.838	1,2	99.7
3.72-3.91	4.9	0.039	2675	0.837	1,2	99.7
3.91-4.16	4.9	0.033	2710	0.793	1,2	99.6
4.16-4.48	4.8	0.034	2707	0.985	1,2	99.4
4.48-4.93	4.8	0.037	2731	1.357	1,2	99.5
4.93-5.64	4.8	0.044	2733	1.532	1,2	99.1
5.64-7.11	4.7	0.035	2778	1.086	1,2	98.7
7.11-50	4.4	0.017	2917	0.521	1,2	97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CrystalClear		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6205→29.68 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2366	2584	5.05 %	random
R_work	0.1843	-	-	-
all	0.1869	51154	-	-
obs	0.1869	51154	94.85 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 183.77 Å² / B_iso mean: 52.1503 Å² / B_iso min: 7.2 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a obs: 0.27 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6205→29.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7648	0	73	106	7827

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	7813
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.637	10546
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	1223
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1345
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.434	2921

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6205-2.6708	0.3117	87	0.2187	1590	1677	58
2.6708-2.7253	0.2647	99	0.2169	2076	2175	74
2.7253-2.7845	0.2653	122	0.215	2421	2543	87
2.7845-2.8492	0.3279	145	0.2136	2671	2816	95
2.8492-2.9204	0.2723	158	0.2092	2764	2922	99
2.9204-2.9993	0.2846	149	0.2067	2770	2919	100
2.9993-3.0875	0.2921	160	0.2146	2802	2962	100
3.0875-3.187	0.2846	153	0.209	2814	2967	100
3.187-3.3008	0.2772	165	0.2071	2795	2960	100
3.3008-3.4328	0.2381	136	0.1881	2834	2970	100
3.4328-3.5888	0.2211	139	0.1781	2851	2990	100
3.5888-3.7776	0.213	157	0.1607	2803	2960	100
3.7776-4.0138	0.2096	148	0.1536	2848	2996	100
4.0138-4.3228	0.184	145	0.1508	2858	3003	100
4.3228-4.7562	0.1899	161	0.1474	2842	3003	99
4.7562-5.4408	0.2031	146	0.1719	2889	3035	99
5.4408-6.841	0.2842	176	0.2432	2882	3058	99
6.841-29.6824	0.2138	138	0.1815	3060	3198	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0028	0.0007	0.0015	0.0002	0.0006	0.0009	-0.0055	0.0109	-0.0106	0.0011	0.0149	-0.01	-0.0068	-0.0045	0	0.1374	0.003	-0.0163	0.183	-0.0758	0.1969	113.9777	11.6631	63.0865
2	0.0166	0.0017	-0.0035	0.0209	-0.0209	0.023	0.0431	0.0052	0.0267	-0.0579	0.0784	-0.0372	0.0108	0.033	0.026	0.1268	-0.0196	-0.0422	0.2167	-0.1283	0.1959	102.4555	-2.3633	46.4864
3	0.015	0.009	-0.0232	0.0055	-0.01	0.0307	0.0251	0.0311	-0.0058	0.0202	0.03	-0.042	0.1472	0.0377	0.0057	0.1472	0.0426	-0.0536	0.1046	-0.0376	0.1923	91.9627	-8.0757	57.9717
4	0.0086	0.0174	-0.0152	0.0514	-0.0435	0.0352	0.0718	-0.0787	-0.0103	0.1253	-0.0286	-0.0384	0.1592	-0.0351	0.0198	0.2656	-0.1101	-0.0769	-0.0581	0.0215	0.1712	82.6632	-10.2155	84.3601
5	0.0053	0.0005	-0.0047	0.002	0.0032	0.0101	-0.0116	0.0081	0.0078	0.0491	0.0664	-0.0087	0.0137	-0.0656	-0	0.2543	0.0848	0.0756	0.3855	0.0265	0.3338	55.5115	25.2009	86.6194
6	0.0368	-0.0087	0.0353	0.0148	0.0032	0.0541	0.0172	-0.0453	0.0522	0.0305	0.0271	0.0544	0.0057	-0.0618	0.052	0.1201	0.0568	0.071	0.296	0.071	0.2419	54.8794	20.2589	67.4818
7	0.0268	-0.0092	0.0332	0.0359	-0.0182	0.0612	0.0009	-0.0124	-0.0144	-0.0065	0.075	0.0495	0.0061	-0.0445	0.1017	0.0372	0.1106	-0.0046	0.1762	0.1367	0.0647	70.4898	23.9758	50.0012
8	0.0075	-0.0061	-0.0032	0.0128	0.0005	0.0153	-0.0786	0.0194	0.0153	0.0395	0.0417	-0.0192	-0.0799	0.0307	-0	0.1781	0.0059	-0.0158	0.177	0.032	0.123	85.6962	40.3985	49.4804

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -7 through 651 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 652 through 737 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 738 through 840 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 841 through 1190 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -7 through 670 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 671 through 840 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 841 through 973 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 974 through 1190 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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