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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4k5z | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Human Chymase in Complex with Fragment Inhibitor 6-chloro-2,3-dihydro-1H-isoindol-1-one | ||||||
要素 | Chymase | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / serine protease / glycosylated / Mast cells / secreted / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chymase / basement membrane disassembly / cytokine precursor processing / peptide metabolic process / midbrain development / Activation of Matrix Metalloproteinases / extracellular matrix disassembly / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / serine-type peptidase activity ...chymase / basement membrane disassembly / cytokine precursor processing / peptide metabolic process / midbrain development / Activation of Matrix Metalloproteinases / extracellular matrix disassembly / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / serine-type peptidase activity / secretory granule / cellular response to glucose stimulus / peptide binding / Signaling by SCF-KIT / protein catabolic process / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of angiogenesis / regulation of inflammatory response / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / serine-type endopeptidase activity / extracellular space / extracellular region / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Collins, B.K. / Padyana, A.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013 タイトル: Discovery of Potent, Selective Chymase Inhibitors via Fragment Linking Strategies. 著者: Taylor, S.J. / Padyana, A.K. / Abeywardane, A. / Liang, S. / Hao, M.H. / De Lombaert, S. / Proudfoot, J. / Farmer, B.S. / Li, X. / Collins, B. / Martin, L. / Albaugh, D.R. / Hill-Drzewi, M. / ...著者: Taylor, S.J. / Padyana, A.K. / Abeywardane, A. / Liang, S. / Hao, M.H. / De Lombaert, S. / Proudfoot, J. / Farmer, B.S. / Li, X. / Collins, B. / Martin, L. / Albaugh, D.R. / Hill-Drzewi, M. / Pullen, S.S. / Takahashi, H. #1: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011 タイトル: Benzimidazolone as potent chymase inhibitor: modulation of reactive metabolite formation in the hydrophobic (P1) region. 著者: Lo, H.Y. / Nemoto, P.A. / Kim, J.M. / Hao, M.H. / Qian, K.C. / Farrow, N.A. / Albaugh, D.R. / Fowler, D.M. / Schneiderman, R.D. / Michael August, E. / Martin, L. / Hill-Drzewi, M. / Pullen, S. ...著者: Lo, H.Y. / Nemoto, P.A. / Kim, J.M. / Hao, M.H. / Qian, K.C. / Farrow, N.A. / Albaugh, D.R. / Fowler, D.M. / Schneiderman, R.D. / Michael August, E. / Martin, L. / Hill-Drzewi, M. / Pullen, S.S. / Takahashi, H. / De Lombaert, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4k5z.cif.gz | 59.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4k5z.ent.gz | 45.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4k5z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4k5z_validation.pdf.gz | 457.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4k5z_full_validation.pdf.gz | 458.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4k5z_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4k5z_validation.cif.gz | 18.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/4k5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/4k5z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24991.857 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-247 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CMA1, CYH, CYM / プラスミド: pDest1393 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P23946, chymase |
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 化合物 | ChemComp-1P7 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.73 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 26-33% PEG8000, 0.1 M Tris, pH 8.0, 2 mM zinc sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→74.61 Å / Num. obs: 25581 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.43 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 12.1 / Scaling rejects: 664 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.8→74.609 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.02 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.94 Å2 / Biso mean: 25.6311 Å2 / Biso min: 10.88 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→74.609 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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