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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4k5w | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant V23M/L25F/T62F at cryogenic temperature | ||||||
要素 | Thermonuclease | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Staphylococcal nuclease / hyperstable variant / pdtp / cavity / pressure | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / nucleic acid binding / extracellular region / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Caro, J.A. / Flores, E. / Schlessman, J.L. / Heroux, A. / Garcia-Moreno E., B. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Pressure effects in proteins 著者: Caro, J.A. / Schlessman, J.L. / Garcia-Moreno E., B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4k5w.cif.gz | 76 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4k5w.ent.gz | 54.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4k5w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4k5w_validation.pdf.gz | 815.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4k5w_full_validation.pdf.gz | 817 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4k5w_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4k5w_validation.cif.gz | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/4k5w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/4k5w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3v2tC 4df7C 4dfaC 4dgzC 4du9C 4f7xC 4f8mC 4kd3C 4kd4C 4nklC 4np5C 4odgC 4qf4C 1sncS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 16955.480 Da / 分子数: 1 / 断片: Nuclease A (UNP residues 83-231) / 変異: V23M,L25F,T62F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: nuc / プラスミド: pET24a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00644, micrococcal nuclease |
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-非ポリマー , 5種, 100分子
#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
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#3: 化合物 | ChemComp-THP / |
#4: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#5: 化合物 | ChemComp-MRD / ( |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.34 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 32% MPD, 25 mM potassium phosphate, calcium chloride, pdTp, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月1日 詳細: Meridionally-bent fused silica mirror with palladium and uncoated stripes vertically-focusing at 6.6:1 demagnification | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal Si(111) with cryogenically-cooled first crystal and sagittally-bent second crystal horizontally-focusing at 3.3:1 demagnification プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 16839 / Num. obs: 16839 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 34.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 2.283 / Net I/σ(I): 17.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SNC 解像度: 1.65→47.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.2166 / WRfactor Rwork: 0.1888 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8708 / SU B: 3.56 / SU ML: 0.064 / SU R Cruickshank DPI: 0.0975 / SU Rfree: 0.0947 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80.79 Å2 / Biso mean: 31.2719 Å2 / Biso min: 14.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→47.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.695 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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