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- PDB-4k57: Structure of Thermus thermophilus 1-pyrroline-5-carboxylate dehyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k57
タイトルStructure of Thermus thermophilus 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase R100A mutant
要素Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALDEHYDE DEHYDROGENASE / ROSSMANN FOLD / NUCLEOTIDE BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / cytoplasmic side of plasma membrane
類似検索 - 分子機能
1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / : / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. ...1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / : / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.537 Å
データ登録者Luo, M.L. / Singh, R.K. / Tanner, J.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural determinants of oligomerization of delta (1)-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase: identification of a hexamerization hot spot.
著者: Luo, M. / Singh, R.K. / Tanner, J.J.
履歴
登録2013年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
B: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,7224
ポリマ－114,4862
非ポリマー2362
水11,223623
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6620 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area34830 Å2
手法PISA
2
A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
B: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
B: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
B: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)344,16712
ポリマ－343,4586
非ポリマー7096
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area29490 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area94850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.729, 102.729, 279.509
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase


分子量: 57243.000 Da / 分子数: 2 / 変異: R100A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: TT_C1213 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72IB9, EC: 1.5.1.12
#2: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.39 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 0.05 M citrate, 45% MPD, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.537→47.333 Å / Num. all: 158507 / Num. obs: 158507 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 5.3 % / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.537-1.622.80.4611.552347187910.46178.5
1.62-1.725.30.3712.1120010225170.37199.5
1.72-1.845.70.233.4121854213050.23100
1.84-1.985.70.135.9113508197880.13100
1.98-2.175.70.0789.9104655182170.078100
2.17-2.435.70.0531493829164540.053100
2.43-2.815.70.04117.282169145190.041100
2.81-3.445.50.03219.368002122910.032100
3.44-4.865.40.02920.25106894460.02999.9
4.86-47.3335.50.02621.52843551790.02699.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.21データスケーリング
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2BHQ

2bhq


解像度: 1.537→47.333 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.8796 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.99 / 位相誤差: 19.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1851 6989 5.01 %random
Rwork0.1684 ---
obs0.1693 6989 93.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 58.26 Å2 / Biso mean: 23.0715 Å2 / Biso min: 10.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.537→47.333 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7911 0 16 623 8550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068186
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03911152
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731227
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061460
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.632952
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.537-1.55440.29131750.28172758293327
1.5544-1.57270.31382670.27734410467743
1.5727-1.59180.29783830.27256778716166
1.5918-1.6120.28314440.26328479892382
1.612-1.63320.27034920.237295281002092
1.6332-1.65560.26785210.2221103311085298
1.6556-1.67920.23535400.2111102271076799
1.6792-1.70430.24245120.2016103031081599
1.7043-1.73090.22125570.1952103531091099
1.7309-1.75930.22015120.186102691078199
1.7593-1.78960.1954680.18291044910917100
1.7896-1.82220.2095600.18851024510805100
1.8222-1.85720.20854740.1842103381081299
1.8572-1.89510.21515750.1781038310958100
1.8951-1.93640.18365910.17941034110932100
1.9364-1.98140.20165740.17871029510869100
1.9814-2.03090.19145380.17551031410852100
2.0309-2.08590.21325560.16951038610942100
2.0859-2.14720.1875860.16481022010806100
2.1472-2.21650.18315830.16331036110944100
2.2165-2.29580.1935380.15961029910837100
2.2958-2.38770.19115680.16031041110979100
2.3877-2.49630.20685280.16481033510863100
2.4963-2.62790.19765280.16461036410892100
2.6279-2.79260.17795430.16091031710860100
2.7926-3.00820.16015540.16451037910933100
3.0082-3.31080.18545270.16541037410901100
3.3108-3.78970.14975440.1503103421088699
3.7897-4.77390.14415400.13991030010840100
4.7739-47.3330.17245260.16991036910895100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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