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- PDB-4k4b: X-ray crystal structure of E. coli YdiI complexed with undeca-2-o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k4b
タイトルX-ray crystal structure of E. coli YdiI complexed with undeca-2-one-CoA
要素Esterase YdiI
キーワードHYDROLASE / Hotdog fold / thioesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA hydrolase / acyl-CoA hydrolase activity / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA thioesterase activity / menaquinone biosynthetic process / hydrolase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA hydrolase, MenI / Phenylacetic acid degradation-related domain / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
undeca-2-one coenzyme A / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ru, W. / Farelli, J.D. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Structure and Catalysis in the Escherichia coli Hotdog-fold Thioesterase Paralogs YdiI and YbdB.
著者: Wu, R. / Latham, J.A. / Chen, D. / Farelli, J. / Zhao, H. / Matthews, K. / Allen, K.N. / Dunaway-Mariano, D.
履歴
登録2013年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月20日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Esterase YdiI
B: Esterase YdiI
C: Esterase YdiI
D: Esterase YdiI
E: Esterase YdiI
F: Esterase YdiI
G: Esterase YdiI
H: Esterase YdiI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,96723
ポリマ－119,7308
非ポリマー12,23615
水15,763875
1
A: Esterase YdiI
B: Esterase YdiI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7117
ポリマ－29,9332
非ポリマー3,7795
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area13860 Å2
手法PISA
2
C: Esterase YdiI
D: Esterase YdiI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8044
ポリマ－29,9332
非ポリマー1,8722
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13610 Å2
手法PISA
3
E: Esterase YdiI
F: Esterase YdiI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7117
ポリマ－29,9332
非ポリマー3,7795
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area14990 Å2
手法PISA
4
G: Esterase YdiI
H: Esterase YdiI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7405
ポリマ－29,9332
非ポリマー2,8073
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area14480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.970, 68.577, 81.144
Angle α, β, γ (deg.)78.93, 84.69, 76.46
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Esterase YdiI


分子量: 14966.271 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b1686, JW1676, ydiI, YdiL / プラスミド: pET-23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P77781, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-UOQ / undeca-2-one coenzyme A


分子量: 935.810 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H56N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 875 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細UNDECAN-2-ONE-COA (UOQ) WAS SYNTHESIZED TO SERVE AS STABLE KETO-THIOETHER (O=C-CH2-S) ANALOGS OF ...UNDECAN-2-ONE-COA (UOQ) WAS SYNTHESIZED TO SERVE AS STABLE KETO-THIOETHER (O=C-CH2-S) ANALOGS OF THE CORRESPONDING THIOESTER SUBSTRATES DECANOYL-COA. THE BONDS IN THIS INHIBITOR ARE NOT CLEAVED BY THE ENZYME AND IT HAS BEEN SHOWN TO BE A COMPETITIVE INHIBITOR. THOSE ATOMS IN THE INHIBITOR MOLECULE WITH POOR/NO DENSITY HAVE BEEN ASSIGNED AS OCC = 0 SO THAT THE MODEL IS NOT FRAGMENTED IN THE STRUCTURE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.09 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.18 M MAGNESIUM ACETATE, 0.07-0.08 M SODIUM CACODYLATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月9日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→33.886 Å / Num. obs: 87554 / 冗長度: 8.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
PROTEUM PLUSPLUSデータ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1SBK

1sbk


解像度: 1.9→33.886 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2163 4149 5.04 %
Rwork0.169 --
obs0.1714 87554 93.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.886 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8368 0 782 875 10025
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089896
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30813481
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.2854391
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781381
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041671
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.92160.25241250.20792385X-RAY DIFFRACTION79
1.9216-1.94420.22321290.20982376X-RAY DIFFRACTION81
1.9442-1.96790.27911290.20512447X-RAY DIFFRACTION82
1.9679-1.99280.28521320.20252484X-RAY DIFFRACTION84
1.9928-2.0190.24831510.1952530X-RAY DIFFRACTION85
2.019-2.04670.29221420.18722531X-RAY DIFFRACTION87
2.0467-2.07590.25011480.18192728X-RAY DIFFRACTION89
2.0759-2.10690.22431260.17652550X-RAY DIFFRACTION89
2.1069-2.13980.24451270.16972778X-RAY DIFFRACTION91
2.1398-2.17490.21031490.16712684X-RAY DIFFRACTION91
2.1749-2.21240.23481370.16652732X-RAY DIFFRACTION92
2.2124-2.25260.21651330.16632743X-RAY DIFFRACTION93
2.2526-2.29590.24011370.17572778X-RAY DIFFRACTION93
2.2959-2.34280.25051520.17992798X-RAY DIFFRACTION94
2.3428-2.39370.2151530.1682792X-RAY DIFFRACTION95
2.3937-2.44940.23391470.17422875X-RAY DIFFRACTION95
2.4494-2.51060.22171570.18012849X-RAY DIFFRACTION96
2.5106-2.57850.24881440.17662845X-RAY DIFFRACTION96
2.5785-2.65430.23181500.17412906X-RAY DIFFRACTION97
2.6543-2.740.23381550.17152936X-RAY DIFFRACTION98
2.74-2.83780.24011400.17952934X-RAY DIFFRACTION99
2.8378-2.95140.23261640.17042920X-RAY DIFFRACTION99
2.9514-3.08560.22191440.17012969X-RAY DIFFRACTION99
3.0856-3.24820.20451580.16712958X-RAY DIFFRACTION99
3.2482-3.45150.20421680.15392908X-RAY DIFFRACTION99
3.4515-3.71770.1621780.14092912X-RAY DIFFRACTION99
3.7177-4.09130.17551380.14632979X-RAY DIFFRACTION99
4.0913-4.6820.16951730.13572943X-RAY DIFFRACTION100
4.682-5.89370.1981600.1672978X-RAY DIFFRACTION100
5.8937-33.8860.21461710.18912889X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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