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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4k4a | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of E. coli YdiI complexed with phenacyl-CoA | ||||||
要素 | Esterase YdiI | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Hotdog fold / Thioesterase (チオエステル加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 1,4-ジヒドロキシ-2-ナフトイルCoAヒドロラーゼ / acyl-CoA hydrolase activity / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA thioesterase activity / menaquinone biosynthetic process / hydrolase activity / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å | ||||||
データ登録者 | Ru, W. / Farelli, J.D. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014 タイトル: Structure and Catalysis in the Escherichia coli Hotdog-fold Thioesterase Paralogs YdiI and YbdB. 著者: Wu, R. / Latham, J.A. / Chen, D. / Farelli, J. / Zhao, H. / Matthews, K. / Allen, K.N. / Dunaway-Mariano, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4k4a.cif.gz | 133.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4k4a.ent.gz | 106.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4k4a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/4k4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/4k4a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14966.271 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b1686, JW1676, ydiI, YdiL / プラスミド: pET-23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: P77781, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: 化合物 | ChemComp-0FQ / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.96 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.18 M MAGNESIUM ACETATE, 0.07-0.08 M SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月9日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→44.61 Å / Num. obs: 42793 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1SBK 解像度: 1.89→44.61 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.5 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.89→44.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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