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- PDB-4k3r: E. coli sliding clamp in complex with AcQLDLA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k3r
タイトルE. coli sliding clamp in complex with AcQLDLA
要素
  • (ACE)QLDLA
  • DNA polymerase III subunit beta
キーワードTRANSFERASE / E. coli sliding clamp
機能・相同性
機能・相同性情報


Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / DNA polymerase III complex / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / error-prone translesion synthesis / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / 3'-5' exonuclease activity ...Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / DNA polymerase III complex / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / error-prone translesion synthesis / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit ...DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / : / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Yin, Z. / Oakley, A.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural and Thermodynamic Dissection of Linear Motif Recognition by the E. coli Sliding Clamp
著者: Yin, Z. / Kelso, M.J. / Beck, J.L. / Oakley, A.J.
履歴
登録2013年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III subunit beta
B: DNA polymerase III subunit beta
E: (ACE)QLDLA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,62411
ポリマ－81,8463
非ポリマー7788
水10,052558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area32860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.960, 67.090, 81.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.820, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABE

#1: タンパク質 DNA polymerase III subunit beta


分子量: 40630.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: DnaN / プラスミド: pND261 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AN1459 / 参照: UniProt: P0A988, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質・ペプチド (ACE)QLDLA


分子量: 584.663 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized peptide

-
非ポリマー , 6種, 566分子

#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.46 % / Mosaicity: 1.35 °
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM MES, 100-150mM CaCl2, 25-30%(v/v) PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年8月6日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.859→74.265 Å / Num. all: 61020 / Num. obs: 61020 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): -2 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.86-1.962.90.6040.5091.12186274790.3230.6040.5092.478.4
1.96-2.0830.3720.3132.12331278550.1990.3720.3133.587
2.08-2.222.90.2230.1873.82275178070.120.2230.187591.7
2.22-2.42.90.1560.1293.42238675940.0870.1560.1296.895.5
2.4-2.633.10.1010.0848.52190371150.0560.1010.0848.897.3
2.63-2.943.20.080.066102109365100.0440.080.06611.597.7
2.94-3.393.40.060.05112.41965057730.0320.060.0511698.3
3.39-4.163.50.0580.04910.91741049170.0310.0580.04920.398.8
4.16-5.883.60.0460.03916.11369338480.0240.0460.03921.799.2
5.88-43.9853.50.0450.03814.1736721220.0240.0450.03820.797.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MMI

1mmi


解像度: 1.86→43.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 3.937 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2639 3107 5.1 %RANDOM
Rwork0.2088 ---
obs0.2116 60998 92.06 %-
all-60998 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.08 Å2 / Biso mean: 29.7885 Å2 / Biso min: 15.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→43.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5533 0 47 558 6138
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0195743
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025581
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0681.9847785
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.68312806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.65739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.35823.976254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.42715981
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.421548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2904
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021263
LS精密化 シェル解像度: 1.859→1.907 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 192 -
Rwork0.332 3349 -
all-3541 -
obs--72.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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