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- PDB-4k3a: The structure of a glycoside hydrolase family 81 endo-[beta]-1,3-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k3a
タイトルThe structure of a glycoside hydrolase family 81 endo-[beta]-1,3-glucanase
要素glycoside hydrolase family 81 endo-beta-1,3-glucanase
キーワードHYDROLASE / glucoside hydrolases family 81 / endo-beta-1 / 3-glucanase / Rhzmucor miehei / (alpha/alpha)6-barrel / supersandwich / beta-1 / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,3(4)-beta-glucanase activity / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity / polysaccharide catabolic process / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
glycoside hydrolase family 81 endo-[beta] glucanase / Glycosyl hydrolase family 81, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 81 N-terminal domain / Endo-1,3(4)-beta-glucanase / Glycosyl hydrolase family 81, C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 81 C-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 81 (GH81) domain profile. / Golgi alpha-mannosidase II; domain 4 / Immunoglobulin FC, subunit C / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 ...glycoside hydrolase family 81 endo-[beta] glucanase / Glycosyl hydrolase family 81, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 81 N-terminal domain / Endo-1,3(4)-beta-glucanase / Glycosyl hydrolase family 81, C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 81 C-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 81 (GH81) domain profile. / Golgi alpha-mannosidase II; domain 4 / Immunoglobulin FC, subunit C / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Distorted Sandwich / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizomucor miehei (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jiang, Z.Q. / Zhou, P. / Chen, Z.Z. / Yan, Q.J. / Yang, S.Q. / Hilgenfeld, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: The structure of a glycoside hydrolase family 81 endo-[beta]-1,3-glucanase
著者: Zhou, P. / Chen, Z.Z. / Yan, Q.J. / Yang, S.Q. / Hilgenfeld, R. / Jiang, Z.Q.
履歴
登録2013年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glycoside hydrolase family 81 endo-beta-1,3-glucanase
B: glycoside hydrolase family 81 endo-beta-1,3-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,0604
ポリマ－173,8682
非ポリマー1922
水12,556697
1
A: glycoside hydrolase family 81 endo-beta-1,3-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0302
ポリマ－86,9341
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: glycoside hydrolase family 81 endo-beta-1,3-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0302
ポリマ－86,9341
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.875, 91.758, 92.819
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 glycoside hydrolase family 81 endo-beta-1,3-glucanase


分子量: 86933.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizomucor miehei (菌類) / 株: Rhizomucor miehei CAU432 / 遺伝子: RmLam81A / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: U5HK45*PLUS, glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 697 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG4000, Tris, MPD, lithium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.9794 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 64600 / Num. obs: 61059 / % possible obs: 95.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4K35

4k35


解像度: 2.3→31.399 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1988 2928 4.9 %
Rwork0.1499 --
obs0.1523 59793 95.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→31.399 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11366 0 10 697 12073
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911711
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19515997
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.184229
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491741
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062077
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.33770.22821100.18562408X-RAY DIFFRACTION85
2.3377-2.3780.25841360.17732470X-RAY DIFFRACTION88
2.378-2.42120.24111250.18292570X-RAY DIFFRACTION90
2.4212-2.46780.22061390.18052591X-RAY DIFFRACTION92
2.4678-2.51810.25211250.1872566X-RAY DIFFRACTION92
2.5181-2.57290.26271350.17852670X-RAY DIFFRACTION93
2.5729-2.63270.27041520.18152611X-RAY DIFFRACTION94
2.6327-2.69850.23181390.17522672X-RAY DIFFRACTION95
2.6985-2.77140.25841450.17712751X-RAY DIFFRACTION97
2.7714-2.85290.21351520.16812745X-RAY DIFFRACTION98
2.8529-2.94490.22681430.16282758X-RAY DIFFRACTION98
2.9449-3.05010.21691470.16222814X-RAY DIFFRACTION99
3.0501-3.17210.20091370.16172782X-RAY DIFFRACTION98
3.1721-3.31630.20811520.1562797X-RAY DIFFRACTION99
3.3163-3.49090.19081470.15252777X-RAY DIFFRACTION99
3.4909-3.70930.18181400.13842804X-RAY DIFFRACTION98
3.7093-3.99520.18131420.12732784X-RAY DIFFRACTION98
3.9952-4.39630.1621390.11312802X-RAY DIFFRACTION98
4.3963-5.03020.14221370.11222810X-RAY DIFFRACTION98
5.0302-6.3290.17151320.14012825X-RAY DIFFRACTION98
6.329-31.40170.15731540.14222858X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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