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- PDB-4k39: Native anSMEcpe with bound AdoMet and Cp18Cys peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k39
タイトルNative anSMEcpe with bound AdoMet and Cp18Cys peptide
要素
  • Anaerobic sulfatase-maturating enzyme
  • Cp18Cys peptide
キーワードOXIDOREDUCTASE / AdoMet radical fold
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type anaerobic sulfatase-maturating enzyme / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Anaerobic Cys-type sulfatase-maturating enzyme / : / Anaerobic sulphatase maturase, radical SAM / 4Fe4S-binding SPASM domain / Iron-sulfur cluster-binding domain / 4Fe-4S single cluster domain / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase class I ...Anaerobic Cys-type sulfatase-maturating enzyme / : / Anaerobic sulphatase maturase, radical SAM / 4Fe4S-binding SPASM domain / Iron-sulfur cluster-binding domain / 4Fe-4S single cluster domain / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Cysteine-type anaerobic sulfatase-maturating enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.783 Å
データ登録者Goldman, P.J. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: X-ray structure of an AdoMet radical activase reveals an anaerobic solution for formylglycine posttranslational modification.
著者: Goldman, P.J. / Grove, T.L. / Sites, L.A. / McLaughlin, M.I. / Booker, S.J. / Drennan, C.L.
履歴
登録2013年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月12日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anaerobic sulfatase-maturating enzyme
B: Anaerobic sulfatase-maturating enzyme
D: Cp18Cys peptide
C: Cp18Cys peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,34415
ポリマ－90,5244
非ポリマー2,82011
水8,431468
1
A: Anaerobic sulfatase-maturating enzyme
C: Cp18Cys peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9008
ポリマ－45,2622
非ポリマー1,6386
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area15950 Å2
手法PISA
2
B: Anaerobic sulfatase-maturating enzyme
D: Cp18Cys peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4457
ポリマ－45,2622
非ポリマー1,1825
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area16460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.031, 91.915, 91.004
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.100, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABDC

#1: タンパク質 Anaerobic sulfatase-maturating enzyme / AnSME / Cys-type sulfatase-activating enzyme


分子量: 43393.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
株: ATCC 13124 / NCTC 8237 / Type A / 遺伝子: CPF_0616 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0TTH1, EC: 1.8.98.-
#2: タンパク質・ペプチド Cp18Cys peptide


分子量: 1868.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: standard Fmoc chemistry

-
非ポリマー , 5種, 479分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 29% PEG 4000, 150 mM ammonium acetate, 100 mM sodium acetate, pH 4.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 69024 / Biso Wilson estimate: 24.41 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
APEXデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.783→41.022 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.8336 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2149 3361 4.95 %
Rwork0.1797 --
obs0.1815 67935 98.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 68.25 Å2 / Biso mean: 26.7309 Å2 / Biso min: 12.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.783→41.022 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6016 0 94 468 6578
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126290
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3468503
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096876
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061062
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.2792363
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7834-1.80890.2995950.26221834192967
1.8089-1.83590.27441500.24062713286399
1.8359-1.86460.2721350.224526642799100
1.8646-1.89510.24261410.21427472888100
1.8951-1.92780.24151460.207627332879100
1.9278-1.96290.241570.202926902847100
1.9629-2.00060.23761400.200827392879100
2.0006-2.04150.27061300.18527162846100
2.0415-2.08590.23071330.186127252858100
2.0859-2.13440.22991440.18427032847100
2.1344-2.18780.2521610.186727242885100
2.1878-2.24690.28081330.182727062839100
2.2469-2.3130.23181350.179327662901100
2.313-2.38770.22911410.179326872828100
2.3877-2.4730.22321260.183527622888100
2.473-2.5720.2131410.186527192860100
2.572-2.6890.23631500.184127292879100
2.689-2.83080.25051490.189827362885100
2.8308-3.00810.2321170.189827482865100
3.0081-3.24020.21531400.186527372877100
3.2402-3.56610.20191490.178427292878100
3.5661-4.08180.18171580.167327482906100
4.0818-5.1410.16241420.150327482890100
5.141-41.03250.19581480.16612771291999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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