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万見
- PDB-4k2x: OxyS anhydrotetracycline hydroxylase from Streptomyces rimosus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k2x
タイトルOxyS anhydrotetracycline hydroxylase from Streptomyces rimosus
要素Polyketide oxygenase/hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / para-hydroxybenzoate hydroxylase fold / hydroxylase / FAD Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


5a,11a-dehydrotetracycline 5-monooxygenase / anhydrotetracycline 6-monooxygenase / anhydrotetracycline monooxygenase activity / antibiotic biosynthetic process / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2450 / Glutaredoxin - #120 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Glutaredoxin / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Alpha-Beta Plaits - #2450 / Glutaredoxin - #120 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Glutaredoxin / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 12-dehydrotetracycline 5-monooxygenase/anhydrotetracycline 6-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces rimosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Wang, P. / Sawaya, M.R. / Tang, Y.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Uncovering the Enzymes that Catalyze the Final Steps in Oxytetracycline Biosynthesis.
著者: Wang, P. / Bashiri, G. / Gao, X. / Sawaya, M.R. / Tang, Y.
履歴
登録2013年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide oxygenase/hydroxylase
B: Polyketide oxygenase/hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,9974
ポリマ－113,4262
非ポリマー1,5712
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area38430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.060, 115.130, 121.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Polyketide oxygenase/hydroxylase


分子量: 56713.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces rimosus (バクテリア)
株: ATCC 10970 / 遺伝子: oxyS, SRIM_10936 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: L8EUQ6
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 16% PEG-8000, 0.1M Na/K phosphate pH 6.0, 0.2M NaCl, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→34.05 Å / Num. all: 31457 / Num. obs: 31457 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 50.023 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 13.58
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.55-2.620.5073.37108852214185.6
2.62-2.690.4413.97108062210188.5
2.69-2.770.3834.6106622151188.4
2.77-2.850.3215.47107042140190.1
2.85-2.940.2586.64105322098190.3
2.94-3.050.2058.07102962020190.5
3.05-3.160.1679.8199471944191.1
3.16-3.290.13611.6397601918191.1
3.29-3.440.1071492091793190.7
3.44-3.610.09216.2488431720189
3.61-3.80.07818.3582241618189.1
3.8-4.030.06720.3978381557190
4.03-4.310.05723.3373071453189
4.31-4.660.05324.4866861341188.2
4.66-5.10.05225.362771256188.5
5.1-5.70.05123.4755381129188.2
5.7-6.580.04924.7152361010188.2
6.58-8.060.03927.164433861187.8
8.06-11.40.03429.763417667186

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.8 Å34.05 Å
Translation3.8 Å34.05 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3FMW

3fmw


解像度: 2.55→34.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9401 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9176 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 1.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2294 1573 5 %RANDOM
Rwork0.1866 ---
all0.1887 31454 --
obs0.1887 31454 89.01 %-
原子変位パラメータBiso max: 146.88 Å2 / Biso mean: 48.2244 Å2 / Biso min: 14.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3445 Å20 Å20 Å2
2--7.3091 Å20 Å2
3----8.6536 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→34.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7434 0 106 48 7588
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2579SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes168HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1233HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7722HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion970SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8670SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7722HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10537HARMONIC21.24
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.33
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.01
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.63 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 138 4.99 %
Rwork0.2118 2627 -
all0.2141 2765 -
obs--89.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.79140.2930.17150.5271-0.13271.1284-0.02780.1867-0.0152-0.0771-0.0096-0.0015-0.01490.08160.0374-0.10540.0008-0.0169-0.06190.0257-0.096219.383316.06729.8771
20.62470.17530.0290.5385-0.02821.1304-0.01840.03810.0491-0.0873-0.02250.01790.0175-0.04040.041-0.10070.02620.0011-0.1018-0.0041-0.0527-18.05-14.94149.2632
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 601
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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