PDB-4k2s: Crystal structure of the mutant P317A of d-mannonate dehydratase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k2s

タイトル

Crystal structure of the mutant P317A of d-mannonate dehydratase from chromohalobacter salexigens complexed with mg and d-gluconate

要素

D-mannonate dehydratase

キーワード

ISOMERASE / Enolase fold / D-MANNONATE DEHYDRATASE / D-Gluconate

機能・相同性

機能・相同性情報

gluconate dehydratase / gluconate dehydratase activity / mannonate dehydratase / mannonate dehydratase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / amino acid catabolic process / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chromohalobacter salexigens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.699 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the mutant P317A of d-mannonate dehydratase from chromohalobacter salexigens complexed with mg and d-gluconate
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

履歴

登録	2013年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2014年4月9日	ID: 3QKF
改定 1.0	2014年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4k2s.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4k2s.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4k2s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/4k2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/4k2s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bsmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4kt2-3 3p93-4 4kpl-4 3qke-3 4kt2-4 3qke-1 3qke-2 3p93-1 3pk7-4 3qke-4 4kws-4 3ow1-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: D-mannonate dehydratase

B: D-mannonate dehydratase

C: D-mannonate dehydratase

D: D-mannonate dehydratase

E: D-mannonate dehydratase

F: D-mannonate dehydratase

G: D-mannonate dehydratase

H: D-mannonate dehydratase

ヘテロ分子

366 kDa, 8 ポリマー
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1

A: D-mannonate dehydratase

B: D-mannonate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: D-mannonate dehydratase

E: D-mannonate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: D-mannonate dehydratase

H: D-mannonate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

F: D-mannonate dehydratase

G: D-mannonate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	196.334, 85.790, 195.638
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.47, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-503- MG
2	1	C-503- MG
3	1	E-503- MG
4	1	G-503- MG
5	1	G-987- HOH

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 16分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	D-mannonate dehydratase 分子量: 45442.223 Da / 分子数: 8 / 変異: P317A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chromohalobacter salexigens (バクテリア) 株: DSM 3043 / ATCC BAA-138 / NCIMB 13768 / 遺伝子: Csal_2974 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1QT89, mannonate dehydratase
#2: 糖	ChemComp-GCO / D-gluconic acid / GLUCONIC ACID / グルコン酸タイプ: D-saccharide / 分子量: 196.155 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₇

-
非ポリマー , 4種, 3153分子

#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 15% PEG 3350, 0.1M Succinic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月2日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.699→44.252 Å / Num. all: 332505 / Num. obs: 332505 / % possible obs: 99.35 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BSM

3bsm

解像度: 1.699→44.252 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2026	16756	5.04 %	RANDOM
R_work	0.1686	-	-	-
all	0.1703	332505	-	-
obs	0.1703	332505	99.35 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.699→44.252 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24812	0	129	3133	28074

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	25846
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.067	35231
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.026	9244
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	3826
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	4589

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6986-1.7179	0.2873	495	0.2513	9542	X-RAY DIFFRACTION	91
1.7179-1.7381	0.2855	569	0.2395	10502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7381-1.7593	0.2854	547	0.2369	10565	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7593-1.7816	0.2759	606	0.2306	10460	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7816-1.805	0.2487	549	0.2159	10488	X-RAY DIFFRACTION	100
1.805-1.8297	0.246	553	0.207	10569	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8297-1.8559	0.2473	551	0.2063	10525	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8559-1.8836	0.2543	573	0.2097	10562	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8836-1.913	0.4055	569	0.3808	10318	X-RAY DIFFRACTION	98
1.913-1.9444	0.4592	538	0.4139	10374	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9444-1.9779	0.2442	507	0.1961	10545	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9779-2.0139	0.2356	563	0.1808	10545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0139-2.0526	0.2092	557	0.1623	10615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0526-2.0945	0.1989	570	0.1548	10556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0945-2.14	0.181	582	0.1454	10533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.1898	0.2037	562	0.155	10571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1898-2.2446	0.3176	554	0.2675	10416	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2446-2.3053	0.3139	531	0.2886	10381	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3053-2.3731	0.1941	558	0.1455	10571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3731-2.4497	0.1909	571	0.1482	10629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4497-2.5372	0.1785	548	0.1354	10558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5372-2.6388	0.1917	563	0.1461	10549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6388-2.7589	0.183	555	0.1438	10644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7589-2.9043	0.1715	581	0.1435	10577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9043-3.0862	0.1865	560	0.145	10630	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0862-3.3245	0.1651	570	0.1386	10652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3245-3.6589	0.1514	545	0.1288	10636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6589-4.188	0.1457	589	0.1192	10611	X-RAY DIFFRACTION	99
4.188-5.275	0.1296	561	0.1079	10732	X-RAY DIFFRACTION	100
5.275-44.2666	0.146	579	0.1366	10893	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5115	0.1328	0.0007	0.2544	0.0366	0.3424	-0.0027	0.0289	0.0716	-0.0184	0.0026	0.1013	-0.0758	-0.0906	0.0012	0.0718	0.0351	-0.0129	0.111	0.0089	0.1341	4.527	-5.112	-102.058
2	0.26	-0.0735	0.0584	0.3473	-0.1668	0.5646	0.0059	0.0445	-0.0467	-0.0916	0.0081	0.0665	0.0858	-0.0816	-0.0119	0.0809	-0.0109	-0.0243	0.0992	-0.0137	0.1068	16.486	-32.308	-117.614
3	0.2866	-0.1231	-0.0451	0.2176	-0.0002	0.5369	0.0159	0.0374	0.0461	-0.0895	-0.0083	-0.0784	-0.2105	0.1384	-0.007	0.2437	-0.0683	0.0273	0.14	0.0047	0.1116	22.396	-41.49	-22.266
4	0.4075	0.1117	0.1058	0.2355	0.0517	0.4097	-0.0128	0.0619	0.0563	-0.071	0.0121	0.0546	-0.1749	-0.0651	-0.003	0.2276	0.0325	-0.0224	0.12	0.0125	0.096	-22.108	-41.558	-22.396
5	0.5501	0.211	0.0372	0.4697	0.0292	0.4549	0.0038	0.0349	-0.0741	-0.0332	0.0116	-0.1075	0.0117	0.1236	-0.0173	0.1066	0.0065	0.0087	0.1187	-0.0098	0.1039	31.122	-68.8	-4.564
6	0.4562	-0.1695	-0.0477	0.3438	0.0897	0.3258	0.0008	-0.0592	-0.0828	0.0708	0.0016	0.1107	0.0357	-0.0742	-0.0008	0.073	-0.0155	0.0207	0.108	0.0162	0.1242	8.194	-32.349	-73.964
7	0.2673	0.0586	0.0259	0.3476	-0.1911	0.5543	-0.0085	-0.0615	0.0535	0.1132	0.0045	0.0431	-0.1213	-0.0657	0.0031	0.112	0.0206	0.0165	0.0976	-0.0216	0.0948	23.713	-4.859	-62.042
8	0.249	-0.015	-0.0387	0.3506	-0.1528	0.6335	-0.0117	0.079	-0.0495	-0.145	0.0099	0.0156	0.0544	-0.0287	0.0003	0.1901	-0.0112	-0.0127	0.1101	-0.0262	0.0896	-4.705	-68.841	-31.199

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 405
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 405
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 405
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 405
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 405
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 405
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	3 - 405
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 405

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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