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- PDB-4k1y: Crystal structure of Canavalia boliviana lectin in complex with M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k1y
タイトルCrystal structure of Canavalia boliviana lectin in complex with Man1-3Man-OMe
要素Canavalia boliviana lectin
キーワードMannose Binding Protein / Diocleinae lectins / Dimannosides / Oligomerization (オリゴマー) / Binding Sites (結合部位)
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Lectin alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia boliviana (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bezerra, G.A. / Viertlmayr, R. / Moura, T.R. / Delatorre, P. / Rocha, B.A.M. / Cavada, B.S. / Gruber, K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural Studies of an Anti-Inflammatory Lectin from Canavalia boliviana Seeds in Complex with Dimannosides.
著者: Bezerra, G.A. / Viertlmayr, R. / Moura, T.R. / Delatorre, P. / Rocha, B.A. / do Nascimento, K.S. / Figueiredo, J.G. / Bezerra, I.G. / Teixeira, C.S. / Simoes, R.C. / Nagano, C.S. / de ...著者: Bezerra, G.A. / Viertlmayr, R. / Moura, T.R. / Delatorre, P. / Rocha, B.A. / do Nascimento, K.S. / Figueiredo, J.G. / Bezerra, I.G. / Teixeira, C.S. / Simoes, R.C. / Nagano, C.S. / de Alencar, N.M. / Gruber, K. / Cavada, B.S.
履歴
登録2013年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Canavalia boliviana lectin
B: Canavalia boliviana lectin
C: Canavalia boliviana lectin
D: Canavalia boliviana lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,20325
ポリマ－102,3864
非ポリマー2,81721
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12550 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area32540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.880, 95.660, 94.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 132.290, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Canavalia boliviana lectin


分子量: 25596.377 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Seeds / 由来: (天然) Canavalia boliviana (マメ科) / 参照: UniProt: A0A023GPI8*PLUS
#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-methyl alpha-D-mannopyranoside


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 356.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManp[1Me]a1-OMEGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1122h-1a_1-5_1*OC][a1122h-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 205分子

#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: vapor difusion, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M CdCl2, 0.1M NaOAc, 30% PEG 400, pH 4.6, vapor difusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: BARTELS MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h-2*l,-k,l / Fraction: 0.296
反射解像度: 2.5→70.243 Å / Num. all: 31961 / Num. obs: 31961 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.1 / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.5-2.645.60.6781.12587746240.678100
2.64-2.85.60.4841.62466343940.484100
2.8-2.995.60.3222.42327141380.322100
2.99-3.235.60.23.92168338530.2100
3.23-3.545.60.1425.32024135970.142100
3.54-3.955.30.1384.11694931690.13899.5
3.95-4.565.60.0759.81607828510.075100
4.56-5.595.60.0719.91353424130.071100
5.59-7.915.60.06810.11050518780.068100
7.91-40.9445.40.04513.9564410440.04599.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 40.09 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å40.94 Å
Translation2.5 Å40.94 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→40.944 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.57 / FOM work R set: 0.7493 / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.21 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2281 1621 5.07 %
Rwork0.2037 --
all0.2045 --
obs0.2045 31961 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.15 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 86.04 Å2 / Biso mean: 32.0985 Å2 / Biso min: 12.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5753 Å20 Å28.2955 Å2
2---1.0745 Å20 Å2
3---1.6498 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.944 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7228 0 113 188 7529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097745
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03210212
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031300
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9992664
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.57360.32721460.30022498264494
2.5736-2.65660.36691280.27932531265995
2.6566-2.75150.26611310.25932504263595
2.7515-2.86160.26961290.24582507263695
2.8616-2.99170.28161260.22432536266295
2.9917-3.14930.22281310.2022536266795
3.1493-3.34650.2141360.19362505264195
3.3465-3.60450.21351500.18992520267094
3.6045-3.96670.30871380.27282508264694
3.9667-4.53940.17481370.14652544268195
4.5394-5.7140.15771470.13832530267795
5.714-32.44990.18691150.18152619273496

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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