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- PDB-4k1o: Crystal structure of the alphaN-catenin actin-binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k1o
タイトルCrystal structure of the alphaN-catenin actin-binding domain
要素Catenin alpha-2
キーワードCELL ADHESION / five-helix bundle / F-actin / alpha-catenin
機能・相同性
機能・相同性情報


radial glia guided migration of Purkinje cell / extrinsic component of postsynaptic membrane / regulation of synapse structural plasticity / extrinsic component of presynaptic membrane / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / regulation of neuron migration / presynaptic active zone cytoplasmic component / Myogenesis / catenin complex ...radial glia guided migration of Purkinje cell / extrinsic component of postsynaptic membrane / regulation of synapse structural plasticity / extrinsic component of presynaptic membrane / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / regulation of neuron migration / presynaptic active zone cytoplasmic component / Myogenesis / catenin complex / brain morphogenesis / parallel fiber to Purkinje cell synapse / dendrite morphogenesis / regulation of neuron projection development / postsynaptic density, intracellular component / prepulse inhibition / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / axonogenesis / adherens junction / beta-catenin binding / cell-cell adhesion / actin filament binding / cell migration / actin cytoskeleton / lamellipodium / basolateral plasma membrane / postsynaptic density / cadherin binding / axon / structural molecule activity / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-catenin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.603 Å
データ登録者Ishiyama, N. / Ikura, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: An autoinhibited structure of alpha-catenin and its implications for vinculin recruitment to adherens junctions.
著者: Ishiyama, N. / Tanaka, N. / Abe, K. / Yang, Y.J. / Abbas, Y.M. / Umitsu, M. / Nagar, B. / Bueler, S.A. / Rubinstein, J.L. / Takeichi, M. / Ikura, M.
履歴
登録2013年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catenin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3914
ポリマ－29,1031
非ポリマー2883
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Catenin alpha-2
ヘテロ分子

A: Catenin alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7828
ポリマ－58,2052
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,x-y,-z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area19960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.152, 112.152, 56.316
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212

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要素

#1: タンパク質 Catenin alpha-2 / Alpha N-catenin


分子量: 29102.627 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal actin-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Catna2, Ctnna2 / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus / 参照: UniProt: Q61301
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CRYSTALLIZED SEQUENCE CORRESPONDS TO THE ALPHA N-CATANIN ISOFORM I, UNIPROT ENTRY CODE Q61301-2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES, pH 7.0, 1.6 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaCl,and 0.1M K/Na tartate, vapor diffusion, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.97911
シンクロトロンAPS 19-ID20.97915
検出器
タイプID検出器日付
ADSC Q2101CCD2011年8月15日
ADSC Q2102CCD2011年8月15日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979111
20.979151
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 12400 / Num. obs: 12361 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 70.6 Å2 / Rsym value: 0.049 / Χ2: 1.08 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.6-2.646.30.5196050.9821,2100
2.64-2.697.20.4376211.3051,2100
2.69-2.747.80.3456110.9711,2100
2.74-2.88.20.266270.9431,2100
2.8-2.869.10.2245971.0121,2100
2.86-2.939.50.216331.0131,2100
2.93-39.60.1526011.1061,2100
3-3.089.50.1376271.1011,2100
3.08-3.179.50.1166081.1181,2100
3.17-3.289.50.0926301.0961,2100
3.28-3.399.50.0676181.1051,2100
3.39-3.539.30.0676171.2791,2100
3.53-3.699.40.0556241.1691,2100
3.69-3.889.50.0496211.2181,299.8
3.88-4.139.40.0416261.0921,299.8
4.13-4.459.50.0366100.981,299.5
4.45-4.899.50.0346210.9861,299.8
4.89-5.69.30.0336470.9691,299.7
5.6-7.059.30.0346271.0421,299.7
7.05-508.40.0316291.1051,295.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.603→39.736 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7918 / SU ML: 0.26 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.25 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2309 1202 10.11 %Random
Rwork0.1946 ---
obs0.1982 11888 95.02 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.03 Å2 / Biso mean: 70.8448 Å2 / Biso min: 47.06 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.603→39.736 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1515 0 15 7 1537
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081552
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1042093
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075245
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004263
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.015583
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6033-2.70750.34481100.28131001111181
2.7075-2.83070.29441250.26691115124090
2.8307-2.97990.32381310.26361161129293
2.9799-3.16650.29381320.25741185131795
3.1665-3.41090.31911360.24021218135499
3.4109-3.75390.26761400.1981250139099
3.7539-4.29650.19641370.17781236137399
4.2965-5.4110.18041440.160512501394100
5.411-39.74090.191470.16671270141798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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