+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4k17 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of mouse CARMIL residues 1-668 | |||||||||
要素 | Leucine-rich repeat-containing protein 16A | |||||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / PH domain / LRR domain / lipid binding / protein-protein interaction / phosphatidylserine / phosphatidylinositol / phosphatidylinositol-5-phosphate / plasma membrane | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 barbed-end actin filament uncapping / positive regulation of lamellipodium organization / negative regulation of barbed-end actin filament capping / macropinosome / actin filament network formation / macropinocytosis / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / urate metabolic process / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ruffle organization ...barbed-end actin filament uncapping / positive regulation of lamellipodium organization / negative regulation of barbed-end actin filament capping / macropinosome / actin filament network formation / macropinocytosis / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / urate metabolic process / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ruffle organization / lamellipodium assembly / intermediate filament cytoskeleton / establishment or maintenance of cell polarity / positive regulation of actin filament polymerization / filamentous actin / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of stress fiber assembly / cell migration / lamellipodium / positive regulation of cell migration / nuclear speck / protein-containing complex binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.895 Å | |||||||||
データ登録者 | Zwolak, A. / Dominguez, R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013 タイトル: CARMIL leading edge localization depends on a non-canonical PH domain and dimerization. 著者: Zwolak, A. / Yang, C. / Feeser, E.A. / Michael Ostap, E. / Svitkina, T. / Dominguez, R. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4k17.cif.gz | 503.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4k17.ent.gz | 418.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4k17.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4k17_validation.pdf.gz | 517.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4k17_full_validation.pdf.gz | 697.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4k17_validation.xml.gz | 109 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4k17_validation.cif.gz | 147 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/4k17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/4k17 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 74778.203 Da / 分子数: 4 / 断片: PH and LRR domains (UNP residues 1-668) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carmil, Lrrc16, Lrrc16a / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIPL / 参照: UniProt: Q6EDY6 #2: 化合物 | ChemComp-OHB / | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 化合物 | ChemComp-ABU / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.92 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: 16 % PEG3350, 130 mM lithium sulfate, 0.25 % w/v salicylamide, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9784 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月4日 / 詳細: toroidal focusing mirror |
放射 | モノクロメーター: Si(111) channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9784 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.895→50 Å / Num. all: 65054 / Num. obs: 63752 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.895→3 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.825 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 84.4 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.895→49.759 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9048 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.895→49.759 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|