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- PDB-4k17: Crystal Structure of mouse CARMIL residues 1-668 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k17
タイトルCrystal Structure of mouse CARMIL residues 1-668
要素Leucine-rich repeat-containing protein 16A
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / PH domain / LRR domain / lipid binding / protein-protein interaction / phosphatidylserine / phosphatidylinositol / phosphatidylinositol-5-phosphate / plasma membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


barbed-end actin filament uncapping / positive regulation of lamellipodium organization / negative regulation of barbed-end actin filament capping / macropinosome / actin filament network formation / macropinocytosis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / urate metabolic process / ruffle organization / intermediate filament cytoskeleton ...barbed-end actin filament uncapping / positive regulation of lamellipodium organization / negative regulation of barbed-end actin filament capping / macropinosome / actin filament network formation / macropinocytosis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / urate metabolic process / ruffle organization / intermediate filament cytoskeleton / lamellipodium assembly / establishment or maintenance of cell polarity / positive regulation of actin filament polymerization / filamentous actin / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / cell migration / lamellipodium / nuclear speck / positive regulation of cell migration / protein-containing complex binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1850 / CARMIL, C-terminal domain / CARMIL, pleckstrin homology domain / CARMIL C-terminus / Carmil pleckstrin homology domain / : / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor ...Helix Hairpins - #1850 / CARMIL, C-terminal domain / CARMIL, pleckstrin homology domain / CARMIL C-terminus / Carmil pleckstrin homology domain / : / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Helix Hairpins / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Helix non-globular / Leucine-rich repeat / Special / Leucine-rich repeat domain superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / salicylamide / F-actin-uncapping protein LRRC16A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.895 Å
データ登録者Zwolak, A. / Dominguez, R.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: CARMIL leading edge localization depends on a non-canonical PH domain and dimerization.
著者: Zwolak, A. / Yang, C. / Feeser, E.A. / Michael Ostap, E. / Svitkina, T. / Dominguez, R.
履歴
登録2013年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine-rich repeat-containing protein 16A
B: Leucine-rich repeat-containing protein 16A
C: Leucine-rich repeat-containing protein 16A
D: Leucine-rich repeat-containing protein 16A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,3897
ポリマ－299,1134
非ポリマー2763
水00
1
A: Leucine-rich repeat-containing protein 16A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7781
ポリマ－74,7781
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Leucine-rich repeat-containing protein 16A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9513
ポリマ－74,7781
非ポリマー1732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Leucine-rich repeat-containing protein 16A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8812
ポリマ－74,7781
非ポリマー1031
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Leucine-rich repeat-containing protein 16A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7781
ポリマ－74,7781
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.168, 67.986, 212.151
Angle α, β, γ (deg.)92.73, 96.95, 110.15
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Leucine-rich repeat-containing protein 16A / CARMIL1 / CARMIL homolog


分子量: 74778.203 Da / 分子数: 4 / 断片: PH and LRR domains (UNP residues 1-668) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carmil, Lrrc16, Lrrc16a / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIPL / 参照: UniProt: Q6EDY6
#2: 化合物 ChemComp-OHB / salicylamide / 2-hydroxybenzamide / サリチルアミド


分子量: 137.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7NO2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID / GABA


分子量: 103.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 16 % PEG3350, 130 mM lithium sulfate, 0.25 % w/v salicylamide, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9784 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月4日 / 詳細: toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9784 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.895→50 Å / Num. all: 65054 / Num. obs: 63752 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.895→3 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.825 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 84.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SnB位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.895→49.759 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9048 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2589 1913 -RANDOM
Rwork0.2149 ---
obs-53184 83.4487 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.895→49.759 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20339 0 18 0 20357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.308
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.023

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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